Все министры входили в Государственный совет и присутствовали в Сенате. Три коллегии — военная, адмиралтейств-коллегия и иностранных дел — подчинялись соответственно трём министрам — военных сухопутных сил, военных морских сил и иностранных дел. Остальные же коллегии были преобразованы в департаменты и входили в министерства. Для совместного обсуждения государственных дел был образован Комитет министров, подчинённый императору и находившийся под надзором Сената. Ежегодно министры должны были отчитываться перед Сенатом, а Сенат делал свои заключения о деятельности того или иного министерства и представлял это заключение императору в виде доклада.
Отныне подпись Александра на указах и повелениях подтверждалась подписью того министра, чьей деятельности тот или иной документ касался. Комитетом министров в течение трёх лет (с сентября 1802 по сентябрь 1805 года) руководил сам Александр. Затем он отошёл от управления им, никого не назначив на этот пост, а установив особый порядок председательства. Более важные дела решал Государственный совет.
Когда Александр не присутствовал на заседаниях Комитета министров, председательствовали по очереди его члены, начиная со старших в чине (канцлер, действительные тайные советники, тайные советники и приравненные к ним военные — фельдмаршалы и полные генералы). Однако такое случалось редко.
Александр придавал Комитету министров особое значение, о чём свидетельствует тот факт, что в 1802 году он присутствовал на двадцати заседаниях из двадцати трёх; в 1803-м — на всех сорока двух; в 1804-м — на двадцати шести из тридцати одного. В последующие годы, во время частых и длительных поездок Александра, Комитету министров особыми указами вручались чрезвычайные полномочия.
Установление нового порядка управления в одном из важнейших звеньев исполнительной власти было встречено в России по-разному. Хотя создание министерств было шагом прогрессивным, совершенствовало косную полуприказную систему, не все одобрили это новшество. По мнению барона М. Л. Корфа, учреждение министерств, «набросанное на бумагу в нескольких поверхностных очерках, без всяких подробностей исполнения, и между тем тотчас же приведённое в действие, это образование носило на себе отпечаток особенной спешности и малой опытности составителей»[81]
.Первым военным министром России стал пятидесятитрёхлетний генерал от инфантерии Сергей Кузьмич Вязьмитинов. Он был записан в армию десяти лет, служить начал с пятнадцати и в 1771 году был уже подполковником и адъютантом Румянцева, а ещё через шесть лет, получив чин полковника, стал командиром знаменитого Астраханского пехотного полка, в рядах которого в своё время проходил службу Суворов и Кутузов.
Боевое крещение Вязьмитинов получил в 1787 году в войне с Турцией. Ему было тогда тридцать восемь лет, и он носил звание генерал-майора. Отличившись при взятии Хотина, Аккермана и Бендер, Вязьмитинов получил орден Владимира второй степени. После войны он стал правителем Могилёвского наместничества и одновременно командиром Белозерского егерского корпуса. В последние годы царствования Екатерины II он последовательно занимал посты губернатора и военного генерал-губернатора в Симбирске, Уфе, Оренбурге, а в 1797 году — коменданта Санкт-Петербургской крепости.
Павел I назначил Вязьмитинова членом военной коллегии, а затем поручил ему ведение дел в комиссариатском департаменте, занимавшемся вопросами снабжения войск. Вязьмитинов занял должность генерал-кригскомиссара — главного интенданта армии — и реформировал вверенное ему учреждение, наведя строгий порядок в делах.
За то, что Вязьмитинов сумел очень быстро переодеть армию в мундиры нового образца, Павел в 1798 году произвёл его в генералы от инфантерии. Однако вскоре Вязьмитинова постигла опала, он вышел в отставку и был возвращён на службу только со вступлением на престол Александра I.
Сначала Вязьмитинов был отправлен генерал-губернатором в Малороссию, а затем отозван в Петербург, где стал вице-президентом военной коллегии, которая исторически являлась прямой предшественницей нового министерства.
Военную коллегию учредил ещё Пётр I в 1716 году для управления сухопутными войсками. Накануне реформ Александра I она состояла из двенадцати экспедиций: армейской, гарнизонной, иностранной, рекрутской, ремонтной (по закупке лошадей), учебной, военной, счётной, инспекторской, комиссариатской, провиантской и артиллерийской. Кроме того, в военную коллегию входили: генерал-аудиториат (управление военной юстицией), чертёжное и картографическое депо с архивом и Московское артиллерийское депо. Большинство экспедиций были реформированы в департаменты и вошли в состав образованного министерства военных сухопутных сил.