Революцию тем временем начали мало-помалу забывать. В Париже образовалась новая элита, нежившаяся в лучах славы нового властителя Франции. Генерал Бонапарт (четыре месяца спустя после отъезда Гумбольдта в Новый Свет) высадился на южном побережье Франции; его египетская экспедиция хотя и закончилась очевидным провалом, но алчущий власти и почестей корсиканец сумел убедить Францию, которой угрожала объединенная мощь держав новой коалиции, в том, что ему, как никому иному, пристала роль спасителя нации. Произведя 18 брюмера (9 ноября 1799 г.) государственный переворот, он заменил Директорию Консульством, а в качестве первого консула прибрал к рукам верховную власть. Он упорядочил систему финансов, создал централизованный управленческий аппарат, произвел реформу гражданского права, решительно и безжалостно подавил сопротивление республиканцев и роялистов, успешно разделался с военными и политическими соперниками. 14 июня 1800 года под Маренго он нанес австрийским войскам сокрушительное поражение, приведшее к распаду второй антинаполеоновской коалиции. Передышка в войне на море и лихорадочное вооружение создали видимость экономического подъема в стране. Из числа возвратившихся эмигрантов, из приближенных, богато одариваемых за счет государственных земель и награждаемых орденом Почетного легиона, из именитых военных постепенно образовывалась привилегированная прослойка, преданная Наполеону. Сам он в августе 1802 года тоже кое-чего для себя добился: звание консула теперь закреплялось за ним пожизненно. Когда в августе 1804 года гражданин Бонплан со своим немецким другом прибыл в Париж, то граждане Франции фактически уже потеряли свою свободу, отдав ее властолюбивому генералу, который, опираясь на армию и верхушку буржуазии, настолько преуспел в погоне за единоличной властью, что в мае 1804 года послушным ему сенатом был провозглашен императором французов и уже строил планы покорения Европы. Через несколько месяцев после возвращения Гумбольдта, точнее, 2 декабря 1804 года, в соборе Парижской богоматери в присутствии папы римского Наполеон с большой помпой был коронован наследным императором французов.
«Вы увлекаетесь ботаникой? — подчеркнуто небрежно спросил новоиспеченный император Гумбольдта, когда того представили ему, и, не дожидаясь ответа, добавил: — Моя жена тоже».
«Император выказывал ледяную холодность Бонплану и ненависть ко мне», — писал позднее Гумбольдт своему биографу Юлиусу Лёвенбергу.
Наполеон не мог простить Гумбольдту его всемирной славы — славы, доставшейся иностранцу, не мог простить того, что немецкий ученый отвлекал внимание французов от его собственной персоны. К тому же император всегда считал «этого знаменитого Гумбольдта… прусским шпионом». А однажды в порыве раздражения он дал своему министру полиции указание предложить Гумбольдту покинуть Париж в течение двадцати четырех часов.
Узнав об этом, Александр обратился к одному из своих друзей, Жан-Антуану Шапталю, с которым познакомился еще до американского путешествия, с просьбой замолвить о нем слово перед императором. Шапталю, известному и заслуженному химику, одному из создателей промышленной химии во Франции, поддерживавшему тесные отношения с Гумбольдтом до самой своей смерти (в 1832 г.), удалось обратить внимание Наполеона на готовящееся к выходу из печати — при содействии французских ученых — фундаментальное научное описание Гумбольдтова путешествия на французском языке и таким образом убедить императора немедленно отменить приказ о высылке из страны немецкого ученого. В книге Шапталя «Мои воспоминания о Наполеоне», опубликованной в 1833 году его правнуками, приводятся такие слова, сказанные им императору: «Месье де Гумбольдт превзошел все науки, и когда он путешествует, то это все равно что путешествует целая академия наук. Стоит только удивляться тому, как удалось ему за три года собрать столь огромный материал, обработкой которого он занят теперь в Париже. Нашу страну он избрал второй родиной: книги свои он публикует на нашем языке и тем самым дает работу нашим граверам, нашим рисовальщикам, нашим печатникам».