Первые действия Павла были направлены на изменение внешнеполитического курса Екатерины; он отменил ее планы послать войска в поддержку Первой коалиции против Франции и пошел на сближение с Оттоманской империей. Сперва казалось, будто Павел добивался мира, чтобы проводить внутренние реформы, но в течение года он занял ведущую роль в формировании Второй коалиции — Британии, Австрии и Оттоманской империи против Наполеона, что в значительной степени было вызвано его решением взять под свою защиту остров Мальта. Рыцари Святого Иоанна с Мальты воззвали к рыцарским чувствам Павла после того, как французская Директория конфисковала их собственность во Франции, и формально Павел стал их защитником в конце 1797 года. Когда Наполеон захватил Мальту в июне 1798 года на своем пути к Египту, Павел принял на себя обязательство оказать помощь острову (и другим обширным владениям), который практически Россия не имела никакой возможности защитить. Даже не пытаясь уклониться от своей новой неудобной ответственности, Павел принял титул Великого магистра ордена в ноябре 1798 года и сразу потребовал вывода французских войск. Это заставило современников и некоторых историков рисовать Павла опрометчивым романтиком во внешнеполитических делах, идеалистом, который мало руководствовался действительными интересами России. Были, однако, практические причины для оказания сопротивления дальнейшей экспансии Франции. Она серьезно угрожала российским интересам на Балканах, а Оттоманской империи — своим контролем над бассейном Средиземного моря. После завоевания Мальты Франция захватила ряд Ионических островов (Корфу был самым важным из них) в 1797 году, а ее завоевания в Италии нарушили баланс сил во всем бассейне Средиземного моря. Павел также боялся угрозы социальному и политическому порядку как отголоска французской революции, ибо вскоре расстался со своими надеждами на то, что Наполеон восстановит традиционные ценности во Франции. По его мнению, главная задача рыцарей Мальты была связана с крестовым походом против идей Революции.
Во время войны Второй коалиции русские войска под командованием генерала Александра Васильевича Суворова успешно вошли в Италию и Швейцарию и соединились с британскими войсками в Голландии. Павел, однако, вскоре разочаровался в поведении своих союзников; он увидел, что австрийцы предпочитают укреплять свои позиции в Италии вместо того, чтобы помогать русской армии в Швейцарии, и что британцы не намерены уступить России Мальту, которую они захватили в сентябре 1798 года. После поражения русской армии при Цюрихе в сентябре 1799 года (которое закончилось не так катастрофично благодаря отважному переходу Суворова с остатком войск через Альпы), Павел отделился от коалиции, правда, без формального мирного соглашения с Францией. Далее он продолжал приводить Британию в ярость, захватывая британские корабли и судовые команды в портах России, налагая запрет на британскую торговлю и вернувшись в декабре 1800 года к политике вооруженного нейтралитета, провозглашенного Екатериной II еще в 1780 году. Она была принята императрицей, чтобы утвердить право нейтральных стран продолжать торговлю с воюющими странами и в целом была направлена против морского владычества Британии. Новый антибританский указ Павла угрожал экспорту в Британию из Балтики необходимых для флота товаров, таких как мачты, деготь, пенька и смола. Павел даже планировал казачью экспедицию через Центральную Азию для завоевания Индии, что было глупой и опрометчивой затеей, не имеющей ни малейшего шанса на успех, но вызывавшей беспокойство Британии. Эти неосторожные шаги были встречены армейскими офицерами и придворной знатью с неодобрением: Никита Петрович Панин, вице-канцлер, написал в ноябре 1799 года, что «через несколько лет Россия станет посмешищем для всей Европы»[23].