Проект устава низших и средних училищ был направлен на начальные школы, подведомственные Министерству народного просвещения. Однако большинство начальных школ находилось в ведении других ведомств: Министерства государственных имуществ, Министерства уделов, Министерства внутренних дел, синода и т. д. Из 30 тыс. имевшихся тогда в стране начальных школ только 1062 с 44 397 учащимися находилось в ведении Министерства народного просвещения32
. Понятно, что в реформе нуждались и все другие школы. Поэтому сразу же возникла необходимость в разработке документа, определяющего судьбу всех других начальных училищ, особенно в части управления ими. С инициативой выступило Министерство государственных имуществ. 3 января 1859 г. министр Муравьев обратился к министру народного просвещения с предложением составить комиссию из представителей Министерства государственных имуществ, Министерства народного просвещения и синода для пересмотра положения об управлении начальными училищами33.Напомним, что вопрос о сельской школе был поставлен также 1 и 7 октября 1860 г. Редакционной комиссией по выработке положения крестьянской реформы. Комиссия указала на необходимость открытия в селах и деревнях начальных народных училищ и принятия содержания их на счет правительства34
.28 июля 1861 г. по высочайшему повелению был составлен особый комитет из представителей разных ведомств для выработки общего плана устройства народных школ35
. План этот был готов уже к ноябрю 1861 г. и тогда же поступил на заключение Святейшего синода. Синод заявил протест против подчинения школ, открываемых духовенством, которых числилось тогда 9283, министру народного просвещения36. В отзыве синода говорилось, что духовенству должно быть предоставлено в начальной народной школе естественное законное первенство. Министр, место которого в это время занимал уже граф Путятин, согласился с заключением синода, и проект вместе с заключением синода был внесен в Главный комитет по устройству сельского состояния.Проект этот вводил обязательное устройство школ за счет местного населения. Хозяином же в этих школах в учебном и административном отношении должно было остаться Министерство народного просвещения. Однако проект очень мало соответствовал духу того времени.
Выработка и проведение в жизнь нового положения об училищах выпала на долю представителя нового направления, министра А. В. Головнина, сменившего графа Путятина в декабре 1861 г. Близкий друг и сотрудник великого князя Константина Николаевича, Головнин служил перед этим в Морском министерстве, которое шло тогда во главе всех ведомств в деле осуществления либеральных реформ.
Одной из главных своих задач новый министр поставил объединение в ведении министра народного просвещения всех учебных заведений и он выполнил эту задачу, подчинив созданным им училищным советам даже школы, открываемые духовенством, на что не решались его предшественники. Получив на рассмотрение подготовленный его предшественниками план реорганизации народных училищ с замечаниями на него синода, Головнин заявил, что протест синода основан на недоразумении (припомним, что министр Путятин с этим протестом согласился). Министерство просвещения никогда не отрицало пользы училищ, организуемых духовенством, отмечал Головнин, и не планировало переводить их в свое ведомство. И все же «нельзя, с другой стороны, предполагать, чтобы Святейший синод, говоря об исключительном праве духовенства учить народ, понимал под этим право учить наукам и вследствие этого слагал бы с министерства обязанность учреждать на свои средства училища разных разрядов, не передавая их духовному ведомству»37
.Учитывая эти соображения, 18 января 1862 г. состоялось высочайшее повеление, которое и разъяснило, что руководство по всей империи начальными училищами поручается Министерству народного просвещения. Исключения составляют училища, открываемые духовенством и контролируемые Святейшим синодом.
При Головнине вдвое возросли бюджетные ассигнования на нужды Министерства народного просвещения. Создавались специальные учебные заведения — учительские семинарии. Особенностью управления этого министра было введение широкой гласности во все, что происходило в учреждениях его ведомства. В журнале министерства, а также в отдельных брошюрах и книгах стали печататься отчеты попечителей округов и ревизоров, посылаемых от министерства, и самого министерства. Были изданы сборники законоположений Министерства народного просвещения (охватывающие период 1802—1864 гг.). По инициативе Головнина его ведомство было освобождено от цензурных функций (в 1862 г. переданы в Министерство внутренних дел).