Будучи посвященным в сан, Томас полностью отдался своим обязанностям со свойственной ему энергией, но с новой целеустремленностью. Преданность, с которой он прежде служил королю, теперь приберегалась для Церкви. Важным в отношении исследования дела Бекета является тот факт, что рутинные обязанности, которые он должен был выполнять как архиепископ, привели его к контактам с римской Церковью и к осознанию своего действительного положения, о котором он ранее не задумывался. Томас стремился получить паллий от Александра III, который представил этот символ своей юрисдикции посланникам Бекета в Монпелье, где он нашел убежище. В 1163 году Томас присутствовал на Соборе в Туре, где, стоит напомнить, избрание Александра Папой получило официальное признание со стороны Англии и Франции. На этом Соборе Папа Александр отдал особые знаки чести и уважения архиепископу Кентерберийскому. Возвратившись в Англию, укрепленный, без сомнения, полученным в Туре опытом, Бекет поставил вопрос о восстановлении давно потерянной собственности, принадлежавшей архиепископскому престолу. В этот период времени, до января 1163 года, он снял с себя полномочия королевского канцлера. Очевидно, Бекет почувствовал, что обязанности архиепископа были несовместимы с той важной ролью, которую играл канцлер в светском управлении. Король был искренно разочарован.
Именно тогда Генрих II созвал королевский Собор в Вестминстере в октябре 1163 года и объявил о мерах, которые должно было принимать в отношении «felonous» или «criminous» (преступных) клириков, то есть членов духовенства, виновных в нарушении закона. Король, следует заметить, не поставил под вопрос право церковных судов рассматривать подобные дела. Но он настаивал на том, что более мягкие наказания, назначаемые церковными судами, позволяли большому количеству преступников избежать достойного наказания. Поскольку данному вопросу впоследствии было суждено сыграть ключевую роль в разногласиях короля с Томасом Бекетом, необходимо заострить внимание на определенных проблемах. Прежде всего, средневековая концепция «духовенства» в XII веке включала не только епископов, священников и монахов, но также большое количество людей, которые занимали различные административные посты или исполняли незначительные религиозные функции. Многие из них являлись лишь диаконами или подъячими, или священниками более низкого ранга. Церковные суды обычно не налагали телесных наказаний, кроме порки в редких случаях. Лишение церковного сана и заточение в строгом монастыре были максимально строгими приговорами, выносившимися церковными судами. Для священника, занимающего высокую должность, и для менее значительного клирика, ведущего какую-то активную деятельность, это наказание, если накладывалось полностью и если срок заключения был долгим, могло быть чрезвычайно серьезным. Однако оно не применялось часто. В любом случае, король посчитал существующую процедуру неудовлетворительной и нуждающейся в исправлении.
Поэтому Генрих II потребовал, чтобы каждый клирик, разжалованный церковным судом, представал перед светским судом для определения ему наказания в соответствии со светским правом. Хотя такая процедура не была запрещена каноническим правом – в том виде, как его тогда понимали, – Бекет выступил против «двойного наказания», и его поддержали сначала архиепископ Йорка, а затем и весь епископат. Возможно, несмотря ни на что, тогда можно было достичь некоторого согласия, если бы король не усугубил проблему.
Тем временем король, возможно предприняв тактический ход, расширил дело, спрашивая епископов, желают ли они соблюдать «обычаи королевства». Таким образом, он, видимо, приготавливался к усилению королевского контроля над английской Церковью, несмотря на возникновение противоречия с существующими григорианскими принципами. Данный вопрос стал гораздо важнее специфической проблемы преступных клириков, которая, в ходе развития разногласия, появлялась только как случайная, эпизодическая проблема и не выступала в качестве принципиального вопроса. Более того, поскольку «обычаи» не были в то время точно определены, обращение короля привело епископов в замешательство и встревожило их. Тем не менее, после некоторых обсуждений, они ответили утвердительно, но добавили квалификационный пункт: «при сохранении нашего уклада». Под этим пунктом они, конечно, подразумевали выполнение своих обязательств как епископов по отношению к Церкви. Очевидно, они также консультировались с Александром, находящимся тогда в изгнании в Сансе. Папа, который в начале ноября 1163 года принял посланников от Генриха, написал в это время Бекету, призывая его к сдержанности.