Именно в Вавилоне осенью 331 года Александр принял решение, имевшее далеко идущие последствия. Он назначил перса Мазея, недавнего своего противника, на должность сатрапа только что покоренного Вавилона. Что касается управления Персидской империей, Александр опирался на местную знать, дублируя персидских сатрапов, назначенных в период с 331 по 327 год, специальным «командующим» или «надсмотрщиком» (στρατηγoς έπίσκοπος) из числа македонян, которому поручалось командование оккупационными войсками; хранение же казны и управление финансами возлагались на еще одного македонянина. Подтвердив функции сатрапов, этих своего рода вице-королей, Александр, во-первых, сэкономил, а во-вторых, продемонстрировал вечно склонной к возмущению знати, что в ее интересах отмежеваться от династии Ахеменидов. Сразу же после своего вступления в должность Мазей начал от своего имени чеканить монету по греческому образцу, показывая тем самым, что установившийся здесь режим является переходным. Кроме того, чтобы поощрить мужество и преданность македонян, Александр наградил наиболее отличившихся воинов, назначив их командирами новоорганизованных полков в тысячу бойцов каждый. Кроме того, он поделил пополам кавалерийские илы и назначил этим новым подразделениям командиров, подчинив им также по тысяче всадников. Таким образом высшая македонская знать отчасти лишилась своего авторитета, уступив его монарху, который намеревался править завоеванными землями иначе, чем Македонией.
Около середины декабря 331 года Александр, ήγεμών, то есть верховный главнокомандующий войсками Эллинской лиги на протяжении вот уже четырех лет, мог считать свою двойную миссию исполненной: он отомстил за святотатства, совершенные Дарием и — пятью поколениями ранее — Ксерксом в отношении греческих богов, и освободил греков Малой Азии от подати, которую они обязаны были выплачивать ахеменидским государям, — впрочем, с риском подменить, в рамках все той же благородной задачи, освободительную войну реваншистской. Не будем забывать, что Александр, царь македонян, не распустил в Вавилоне греческие войска по домам, и они имели полное право потребовать обратно забранные у своих предков трофеи, которые украшали теперь персидские дворцы, а также свободы для своих угнетаемых (?) в столицах империи соотечественников. И хотя назначенный Союзом мститель все больше путал коллективные интересы со своими собственными, волю греческих и македонских воинов — со своей личной властью, общую добычу — с царской казной, Александр был вправе теперь, в наиболее прохладное время года, дать приказ пуститься в погоню за Дарием, который продолжал настаивать на своей непобедимости и именовать себя Царем царей, «хшаятия хшаятиянам».
В Персии
Армия, которая получила подкрепления от Антипатра, должна была преодолеть 370 километров от Вавилона до Суз (нынешнего Шуша в иранском Хузестане) за три недели. «Войдя в город (ок. 25 декабря 331 г.), Александр завладел казной в 50 тысяч талантов серебра и прочими царскими богатствами (9 тысяч золотых дариков), а кроме того, многими предметами, которые Ксеркс вывез из Греции, в частности, бронзовыми статуями Гармодия и Аристогитона» (
В конце января 330 года армия переправилась через судоходное русло Каруна приблизительно напротив Шуштара и вступила в провинцию древнего Элама, в область уксиев, через которую надо было пройти, чтобы попасть в собственно Персию. Обитавшие на равнине и распаханных холмах уксии тут же признали власть Александра. Те же, кто жил на южных отрогах Загра, претендовали на то, чтобы всякий направлявшийся в Персеполь чужеземец платил им за право прохода. Около нынешнего Пазанана (50° восточной долготы, в 40 км от Персидского залива) Александр с боем овладел первой тесниной, между тем как отряд под командованием Кратера осуществил охватывающий маневр прямо через горы.