Вскоре Олимпиада перебралась в Эпир, где, похоже, даже пыталась убедить брата идти войной на Филиппа. Александр же тем временем отправился в Иллирию. Филиппу долго пришлось улаживать конфликт – он примирился с сыном Олимпиады, которого официально объявил своим наследником; Аттал и его родственник – влиятельный Парменион, были отправлены командовать войсками в Анатолию во избежание столкновений с Александром. Эпирскому царю была обещана в жены сестра Александра. Тот, казалось, пошел на сближение с отцом, но с этого момента уже вел активную закулисную политическую игру, не будучи уверенным в своих возвращенных правах. Так, он сблизился с правителем агриан Лангаром, который впоследствии окажет ему большую услугу. Также Александр вступил в тайные переговоры с правителем Карии, прося у него руки его дочери. Вероятно, македонский наследник стремился стать правителем независимого государства, чтобы уже оттуда с суверенных позиций разговаривать с Филиппом и претендовать на Македонию. Кроме того, Александра наверняка беспокоило предложение руки дочери, которое до того сделал карийский сатрап сыну Филиппа II от другого брака – Арридею. Этот самый Арридей был слабоумным и вряд ли лично помешал бы своему сводному брату в случае борьбы за престол. Но, являясь одновременно наследником карийского правителя, представлял, конечно, куда большую опасность.
Однако брачные переговоры Александра с хозяином Карии были самым решительным образом прерваны Филиппом. Он имел тяжелый разговор с сыном, прозрачно намекал на лишение прав на македонский престол. Ближайшие друзья Александра – Птолемей, Гарпал, Неарх, Лаомедон, Эригий – были высланы из страны. А при разговоре отца с сыном присутствовал сын Пармениона Филота. То, что он занял в этом случае сторону отца, по всей видимости, могло запомниться Александру, что затем повлияло на судьбу Филоты.
Неизвестно, как события развивались бы в дальнейшем, но произошла трагедия. Летом 336 года до н. э. в городе Эги (древней столице Македонии) проходили торжества по поводу свадьбы эпирского царя и македонской царевны. Филипп все время находился рядом с сыном и, кажется, был вполне доволен и собой и им. При входе в театр офицер из гвардии гипаспистов Павсаний нанес царю смертельный удар мечом. Павсаний тут же был убит телохранителями, а Филипп скончался на руках у Александра. До сих пор неясно, кто же подослал Павсания. У него, как предполагается, были некие собственные семейно-личные мотивы для убийства, но это не исключает и участия высокопоставленных особ. Среди возможных заказчиков называли персидского царя – македоняне уже вели последние приготовления к переброске в Малую Азию новых подкреплений, и сам «царь царей» позже в письмах грекам хвалился, что именно он убил «душителя свободы эллинов». Подозрение по понятным причинам пало и на Олимпиаду, выгода которой от смерти бывшего супруга была очевидной. По приезде в Македонию она даже позаботилась о благоустройстве могилы Павсания.
Наконец, вышеизложенные проблемы в отношениях с отцом, опасность потерять права на трон могли толкнуть на убийство и самого Александра. Известный автор биографии полководца Шахермайр пишет, что такое преступление «из-за угла» никак не соответствует тому, что известно о характере Александра, но нам подобное рассуждение представляется не вполне уместной лирикой. Впрочем, не следует сомневаться в том, что сын если не любил, то уважал отца, ценил результаты, которых тот добился, и не забывал это подчеркивать. В одной из своих речей, обращенных к македонскому войску во время великого азиатского похода, он говорил (в изложении Арриана): «Филипп принял вас бесприютными и бедными. Одетые в шкуры, вы пасли в горах жалкие отары, из-за которых были вынуждены отчаянно сражаться с иллирийцами, трибаллами и соседними фракийцами. Вместо шкур Филипп нарядил вас в плащи, спустил вас с гор на равнины… А что до этих самых варваров, то он превратил вас из их рабов, на которых они прежде нападали, захватывая и уводя вас самих и все, что вам принадлежит, – в господ и повелителей. Он присоединил к Македонии большую часть Фракии и, овладев наиболее удобными приморскими областями, открыл страну для торговли, а также устранил помехи для разработки рудников. Филипп сделал вас правителями фессалийцев, которые прежде заставляли вас умирать со страху, и, усмирив племя фокидян, открыл вам широкую и гладкую дорогу в Грецию… Придя в Пелопоннес, он устроил тамошние дела и назначенный самодержавным предводителем всей Греции в походе против Персии, снискал славу не столько себе, сколько всему македонскому союзу».