Сразу после этой ссоры Александр с матерью покинули столицу и направились в Эпир ко двору брата Олимпиады, которого также звали Александром. Он теперь был вождем племени молоссов и считался одним из наиболее могущественных правителей страны. Олимпиада, негодовавшая на мужа, похоже, пыталась подговорить брата выступить против македонян, свергнуть Филиппа и посадить на трон ее сына. Неизвестно, в какой степени был вовлечен в этот заговор сам Александр и знал ли он о нем вообще, однако планам Олимпиады не суждено было осуществиться, так как Филипп ее опередил. Он, конечно, мог вторгнуться в Эпир и с легкостью разгромить любые силы, которые выступили бы против него, однако большая часть македонской армии в тот момент находилась в Греции, и царь не хотел отвлекаться на второстепенные боевые действия. Вместо этого он направил к вождю молоссов посольство, в котором предлагал вождю руку своей дочери, тоже Клеопатры, в обмен на то, что тот возвратит в Пеллу Александра. Клеопатра была дочерью Филиппа и Олимпиады, так что вождь молоссов приходился ей родным дядей, но в те времена подобное редко принималось в расчет, тем более что подобный брак давал брату Олимпиады массу выгод, и он согласился на предложение македонского царя. Кто-то предупредил Александра, и тот бежал в Иллирию. Однако местные племена побоялись предоставить ему убежище, и юноше не оставалось ничего другого, как вернуться в Пеллу. Олимпиада осталась в Эпире у брата, но ее муж не предпринимал никаких попыток возвратить ее. Более того, Филипп решил развестись с нею.
Теперь, когда Александр возвратился в столицу и находился под домашним арестом, царь, по всей видимости, не ожидал, что Олимпиада может представлять для него хоть какую-то опасность.
В точности неизвестно, чем в это время занимался Антипатр, однако о его личной дружбе с Олимпиадой и ее сыном знали все, и одно это должно было заставить Филиппа считать его потенциальным противником. Плутарх и Юстин сообщают о том, что у Олимпиады созрел новый план убийства мужа, и, вполне возможно, Антипатр был вовлечен в этот заговор. Наиболее влиятельными военачальниками армии Филиппа считались Антипатр, Парменион и Аттал (дядя новой супруги царя). Однако последние двое в тот момент — в середине 336 г. до н. э. — находились за пределами Македонии, на юго-востоке Фракии, где осуществляли последние приготовления к задуманному вторжению в Малую Азию. Так что, если Олимпиада собиралась воспользоваться хоть какой-то возможностью возвести сына на престол, ей непременно требовалась поддержка Антипатра, который один командовал войсками, расположенными в Македонии. Несомненно, Филипп подозревал, что его жизнь находится под угрозой, так как он направил послов к Дельфийскому оракулу и прорицательница сообщила, что кто-то жаждет его смерти.
Если заговор против Филиппа все-таки существовал, то судьба царя должна была решиться в конце лета, когда Клеопатра родила ребенка. Исторические источники не совсем ясно говорят о том, кто это был — мальчик или девочка. Юстин, например, вообще предполагает, что у Клеопатры появились двойняшки, и упоминает, что когда Александр стал царем, то убил своего сводного брата по имени Каран. Некоторые историки предполагают, что Каран был сыном Филиппа от одного из предыдущих браков, однако это маловероятно, так как до описываемых событий об этом ребенке не упоминалось. И если это был сын Клеопатры, то вполне возможно, что Филипп действительно собирался сделать именно его наследником, поскольку мальчику дали имя первого македонского царя, тем самым как бы подчеркивая, что ребенку предстоит стать основателем династии правителей новой македонской державы.
Точно неясно, имели ли ко всему этому отношение Олимпиада и Антипатр, но в октябре 336 г. до н. э. во время празднеств, последовавших за свадьбой дочери Олимпиады и ее брата, царь Филипп был убит. Во второй день свадебных гуляний Филипп направлялся на арену для спортивных состязаний, и один из его молодых телохранителей по имени Павсаний ударом кинжала поразил царя. Как пишет Юстин:
Диодор сообщает некоторые подробности этого происшествия: