Александр оставался в Персеполе на протяжении четырех месяцев. Здесь он предложил персидским аристократам, до той поры сохранявшим верность своему царю, перейти на сторону македонян. Некоторые откликнулись на его призыв, однако большинство отказалось. После этого, несмотря на то что война была далека от окончания, Александр провозгласил себя новым персидским царем. Наконец в июне он двинулся на Экбатаны — современный город Хамадан на севере Ирана. Здесь он надеялся в последнем решающем сражении завершить боевые действия, но настоящий царь Персии Дарий не стал его дожидаться и со всей своей армией отступил на восток в крупную провинцию Бактрию. Александр, по всей видимости, мечтал захватить Дария живым, но его надеждам не суждено было сбыться: в середине июля он получил известие, что Дарий погиб от рук собственных придворных, а его полководец Бесс провозгласил себя царем Персии и решил продолжать войну.
Как сообщает Арриан, после смерти Дария отец Барсины и ее брат немедленно перешли на сторону Александра.
Этот рассказ еще больше подкрепляет предположение, что Артабаз был агентом Александра при персидском дворе. И дело не только в том, что Александр настолько доверился Артабазу, что поручил ему командовать арьергардом своей армии. По Арриану, выходит, что и сам Артабаз сразу после смерти Дария III немедленно перешел на сторону македонян, вместо того чтобы сражаться за Бесса. Более того, находит свое подтверждение и предположение, что брат Барсины Фарнабаз действительно выполнял роль связного, поскольку позже Арриан сообщает, что он находился вместе со своим отцом.
Война с Бессом затянулась еще на пару лет. Теперь боевые действия приходилось вести в суровых условиях пустыни и горных районов Афганистана. С этой поры и вплоть до окончания кампании ни один из исторических источников больше не упоминает Барсину, однако она, видимо, по-прежнему оставалась любовницей Александра, поскольку известно, что летом 327 г. до н. э., находясь в горной местности на севере Афганистана, она родила Александру сына, которого тот назвал Гераклом. Но вдруг через несколько недель после рождения сына Александр встретил и немедленно полюбил шестнадцати летнюю Роксану. Для Барсины, которой на тот момент исполнилось 36 лет, достаточно горько было узнать о том, что ее возлюбленный воспылал чувством к девушке, которая на 20 лет моложе нее. Однако последующее событие еще более оскорбило Барсину и наверняка причинило ей неимоверную боль. Александр практически немедленно женился на Роксане и сделал ее царицей. Шесть долгих лет Барсина была рядом с Александром. Она любила его, оказывала ему неоценимые услуги и даже родила сына. Теперь, когда война завершилась, Барсина могла надеяться, что он наконец женится на ней и сделает царицей. Но вместо этого Александр женился на девочке, почти ребенке, всего через несколько недель после того, как познакомился с ней. Было отчего прийти в отчаяние.
Практически потерявший голову от Роксаны Александр, похоже, с этой минуты стал игнорировать Барсину и сына. Неизвестно, заставлял ли он ее уехать, но через несколько дней после свадьбы Александра она вместе с ребенком уехала в родной Пергам, где и оставалась в течение следующих четырех лет. Они не встречались до начала лета 323 г. до н. э., когда Александр вновь вызвал Барсину в Вавилон, чтобы повидаться с сыном. Она приехала ко двору в конце июня, а уже через несколько дней присутствовала на последнем пире Александра. В связи со всем вышесказанным можно сделать вывод, что если все-таки именно Барсина отравила великого полководца, то у нее имелось по крайней мере две причины сделать это. Во-первых, ее унизили на глазах всего мира, предпочтя ей совсем юную девушку. А во-вторых, ее сын был пока единственным ребенком Александра мужского пола и, таким образом, наиболее вероятным наследником в случае смерти царя.