Из Сард Александр направился в Эфес, другой ключевой пункт, соединяющий Персию и Запад. При известии о его приближении тамошний гарнизон бежал вместе с македонским перебежчиком Аминтой, сыном Антиоха. Очевидно, вести об обращении Александра с наемниками достигли этих мест.
В Эфесе произошла перемена в политике Александра по отношению к грекам. В самой Греции царь обычно поддерживал олигархов. В Эфесе же олигархи правили от имени Дария, а демократы приветствовали Пармениона как освободителя. Соответственно, было создано марионеточное демократическое правительство. Демократы устроили чистку своих политических оппонентов, продолжавшуюся, пока им не помешал царь, решивший, что кровопролитие пора прекратить. Это, как говорят, снискало ему большую популярность. Когда Александр еще находился в Эфесе, туда прибыли послы из Магнесии и Тралл, с предложениями о сдаче. Распространился слух, что македонский царь симпатизирует демократам, и это возымело свое действие.
Возможно, теперь Александр нашел решение вопроса, как ему разумнее поступать с захваченными землями. Два крупных военных соединения под началом Пармениона и Алкимаха были отправлены принимать капитуляции городов Ионии, Лидии, Эолиды. Оба военачальника получили подробные инструкции от царя. Олигархические хунты следовало низлагать, а вместо них учреждать «демократические» правительства; местные законы и обычаи уважать. Города освобождались от дани персам.
Все это выглядит весьма великодушным, но по сути одни марионеточные правители были заменены другими. Кроме того, несмотря на захват сардской казны (большая часть ее, вероятно, пошла на уплату долгов), Александру все же не хватало наличных денег. Совсем отменить дань он в то время не мог себе позволить, но мог назвать ее как-то иначе. Царь требовал, чтобы «освобожденные» греческие города присоединялись к Эллинскому союзу. Раз так, то по договору они были обязаны платить «взносы» на ведение общеэллинской войны. Можно не сомневаться, что теперь они должны были платить не меньше, чем выплачивали персам в виде дани.
Парменион также получил указания укрепить оборону ионийского побережья на случай нападения персидского флота. Эти предосторожности, как выяснилось, вовсе не были излишними.
Стало известно, что из Карии к Милету отплыли флотилии царя Персии. Незадолго до того командир милетского гарнизона, считая свое положение безнадежным, прислал Александру письмо с предложением о капитуляции. Но теперь он вдруг передумал. Царю следовало действовать быстро. Флот союза сразу отплыл из Эфеса. Если бы ему удалось достичь Милета раньше персов, город и гавань были бы защищены. Пармениона и Алкимаха срочно отозвали. Но Александр, похоже, выступил в поход с наличным войском (около 15 000 человек оставались на гарнизонной службе), не дождавшись возвращения своего помощника.
Никанор, командующий греческим флотом, поставил свои корабли на якорь за три дня до прихода персов; у него было 160 кораблей, а у персов – 400, но оборонительную позицию на острове Ладэ он занял отличную. Сам Александр также достиг Милета вовремя и усилил оборону острова хорошим гарнизоном.
Персы вынуждены были оставить свои корабли у Микале, на уязвимой позиции. К тому же они были отрезаны от путей снабжения продовольствием и пресной водой, так как Александр поставил заслон в устье Меандра, чтобы воспрепятствовать высадке персидских интендантских частей. Он уже овладел внешним городом и готовился к штурму акрополя.
Правитель Милета отправил к Александру парламентера с предложением свободного пользования портом и свободного входа в город как для македонян, так и для персов, если царь снимет осаду. Царь отверг эти предложения, и началась осада города. Флот союза блокировал вход в гавань, чтобы защитники Милета не могли получить помощь от персов, а македонские осадные машины начали крушить городские стены. Когда образовались пробоины, македоняне ворвались в город. Часть гарнизона, в том числе 300 наемников, бежали на один из островков, остальные сдались.