Бесс пришел к заключению, что Александр останется на берегу, пока у него не появятся транспортные суда, точно так же, как ранее он самонадеянно решил, по какому перевалу пройдет македонское войско. Его репутация и так уже пошатнулась после отступления из Бактрии, а когда стало известно о последнем свершении Александра, Бесс и вовсе потерял авторитет. Спитамен и согдийские вельможи решили, что пора сменить вождя. Они схватили Бесса и дали знать Александру, что если отряд македонян явится в определенное место, то им будет передан цареубийца. Это был весьма разумный ход: новоявленные вожаки не только избавлялись таким образом от Бесса, но и заверяли македонского царя в желании сотрудничать. И все же Александр был осторожен: за этим предложением могла таиться какая-то хитрость.
Деликатная миссия была поручена Птолемею, сыну Лага. В отдаленной деревушке он действительно нашел Бесса под вооруженной охраной и отправил весть Александру, с вопросом, каким образом доставить пленника. Ответ царя был необычным: Бесса следовало привязать к столбу у дороги, по которой должно было пройти македонское войско, надев на него рабский ошейник. Александр решил примерно наказать узурпатора, прежде всего чтобы ублажить персидскую знать.
Когда колесница Александра поравнялась с Бессом, царь сошел с колесницы и спросил Бесса, зачем он заковал в цепи, а потом убил Дария, «своего царя, родича и благодетеля». Тот ответил, что это было совместное решение, «чтобы заслужить милость Александра и спасти свои жизни». Однако все знали, что такую «милость» мог оказать только завоеватель-узурпатор, а Александр вовсе не желал выглядеть таковым. Чтобы показать, как ему отвратительно предательство Бесса, Александр приказал сперва выпороть пленника, а потом отправить в Зариаспу, где Бессу отрезали нос и уши. Затем он был публично казнен в Экбатанах, на глазах толпы персов и мидийцев.
Придя к приятному, но ошибочному заключению, что Спитамен теперь его подданный и союзник, Александр захватил Мараканду (Самарканд) и дошел до Яксарта (Сырдарьи), представлявшего собой северо-восточную границу персидской империи. За этой рекой начинались безграничные «скифские» степи и горы, населенные дикими кочевниками – саками, массагетами и другими. Здесь македоняне обнаружили пограничное укрепление и семь фортов, построенные, как считалось, Киром. В них Александр оставил гарнизоны из наемников. Здесь, по его плану, должно было быть заложено новое военное поселение – как для целей дальнейшей экспансии, так и для обороны – Александрия Крайняя.
Тогда и начались настоящие неприятности. Александр вызвал Спитамена и других вельмож в Бактру, но Спитамен не явился, а во всей его области началось восстание. Сам Спитамен осадил Мараканду. Восставшие вновь захватили укрепление Кира и остальные форты и перебили македонские гарнизоны. Царь реагировал на это быстро, но он, видимо, все же недооценивал опасность. Он послал в Мараканду явно недостаточное по численности войско. У командира, лидийца Фарнуха, было всего 60 конных гвардейцев, 800 конников-наемников и 1500 пеших наемников.
Укреплениями на реке Александр занялся сам. По пути он был ранен случайной стрелой в ногу. За три дня он вновь взял пять из семи фортов, а затем наступила очередь и главного укрепления, Кирополя. После этого, раздраженный проявлениями враждебности заречных кочевников, Александр совершил блестящий с тактической точки зрения рейд на их территорию. Во время этой вылазки Александр неосторожно выпил грязной воды и вернулся обратно за Сырдарью, страдая гастроэнтеритом.
Вслед за этим начались новые, более крупные неприятности. Дождавшись прихода Фарнуха с его небольшим войском, Спитамен отступил от Мараканды и, ловко маневрируя, заманил противника на дикие земли за Зеравшаном, населенные массагетами. Здесь македоняне попали в засаду, были окружены и почти все перебиты. Спаслись только 300 пехотинцев и 40 всадников. Спитамен же вернулся и возобновил осаду Мараканды. Услышав этот грустный рассказ от оставшихся в живых воинов, Александр под страхом смерти запретил им кому-либо об этом рассказывать. Стало ясно, что Спитамен – самый опасный противник Александра со времен наемника Мемнона.
Македоняне перешли Сырдарью, Голодную степь и через Зеравшанскую долину за четыре дня дошли до Мараканды, пройдя около 160 миль. При их появлении Спитамен быстро снял осаду и отступил в пустыню. Сначала Александр хотел было его преследовать, но потом оставил эту бесполезную затею. Он перешел назад через Амударью и отвел войско на зимние квартиры (329—328 гг. до н. э.) в Зариаспе. Той же зимой прибыли с морского побережья долгожданные пополнения, в основном наемники, и с ними такие командиры, как Асандер, брат Пармениона, и Неарх, друг детства Александра. Неарх стал одним из гвардейских командиров; об Асандере в дальнейшем не было сведений.