Прокатившаяся в 1937 году по оппозиционной молодёжи волна арестов стала вторым большим потрясением для девятнадцатилетнего Ганса Шоля. Отсидка в камере гестапо лишь усилила его ненависть к тоталитарному режиму родного государства. В марте этого же года Ганс сдал экзамен в реальном училище в Ульме, после чего был призван сначала отбывать трудовую повинность, а потом в ряды вермахта. После службы в кавалерийском подразделении Бад-Канштата весной 1939 года Шоль начал изучать медицину в составе студенческой роты Мюнхенского университета, куда и вернулся после военной кампании во Франции, где он летом 1940 года участвовал в качестве фельдфебеля медико-санитарной службы. Знакомство с Александром Шморелем переросло вскоре в прочную дружбу. Они вместе готовились к экзаменам, вместе сбегали с занятий по физподготовке.
22 июня 1941 года случилось то, чего в душе все боялись, но мысль о чём даже в разговорах отметали как невозможную. Нападение на Советский Союз, вчерашнего союзника, стало новым поворотом в политике экспансии Третьего рейха. Войну с СССР Александр воспринял как агрессию против собственной Родины и тяжело переживал её. При этом он проводил чёткую границу между Россией или Советским Союзом как страной, как общностью проживающего на её территории народа и большевизмом как господствующей или, вернее, единственной идеологией этого государства. Высказывания на этот счёт будут два года спустя красной линией проходить во всех его показаниях во время допросов в гестапо: