После победы при Столовичах конфедераты попали в отчаянное положение. Их главные боевые силы уничтожены. Русский экспедиционный корпус и королевские польские войска контролировали большую часть Речи Посполитой. Три потрёпанных отряда конфедератов всё ещё пытались оказать сопротивление: под Краковом действовал отряд Валевского, под Ченстоховым – отряд Пулавского, в Великой Польше – группировка Зарембы.
Оказавшись перед опасностью полного разгрома, конфедераты усилились новым французским контингентом во главе с генерал-майором бароном де Виоменилем, который в Бяле формировал новые отряды. Французы намеревались захватить древний Краков и провозгласить там новое правительство Польши. Бибиков поручил Суворову действовать в Краковском воеводстве – там, где ожидались основные события заключительного этапа войны. Суворов расположил в Кракове Суздальский полк во главе со Штакельбергом, который не внял требованиям Суворова проявлять бдительность. Конфедераты подкупили краковского трактирщика Залесского, с его помощью лазутчики Виомениля ночью пробили брешь в стене замка – и в ночь на 22 января 1772 года полковник Шуази повёл войска на захват замка. Авангардный десант из пятидесяти человек уничтожил караульных, а на судах к Кракову прибыл отряд из пятисот конфедератов с пятью орудиями. Им удалось овладеть Краковским замком. Штакельберг запросил помощи у подполковника Елагина, стоявшего с отрядом в Пинче. В ночь на 24-е Елагин занял позиции у Краковского замка, прикрывая его от новых возможных атак конфедератов со стороны Бялы и укреплённого монастыря Тынца.
Суворов, соединившись с верными короне польскими кавалеристами Браницкого, выступил в Краков, утром 24 января начав осаду замка. Под командованием Суворова граф Казимир Браницкий, самый влиятельный и удачливый из польских командиров, верных Станиславу Августу, действовал успешно. Суворовские патрули перекрыли все пути к замку, рассеяли отряды конфедератов в окрестностях города. Во время осады Краковского замка огорчил Суворова капитан Иван Лихарев, командовавший отрядом из шестидесяти человек: «Он, увидя вышедших не весьма большое число возмутителей, приступающих только к тому дому, не имея ещё от возмутителей ни сам, ни команда его вреда, пришед в позорную и предосудительную робость, не только на них нападения не сделал, но ниже регулярно поступал, не чиня отпору и не выстреля пяти раз, сказав команде своей, чтоб только всякий спасал жизнь; сам, оставя пост, от них уехал, почему вся команда рассеялась и в бегство обратилась; и того посту не удержал, но при том случае убито у него мушкетер два, ранено четыре человека… За что он, Лихарев, содержится под арестом». Трусости на поле боя Суворов не признавал, трудно было обосновать перед ним даже минимальное отступление.
Штурм Кракова Суворов намеревался провести четырьмя колоннами с четырёх сторон. Однако Шуази сумел отразить первый двухчасовой штурм 18 февраля: он надёжно укрепил брёвнами ворота, и их не удалось взорвать. Суворов убедился, что без тяжёлой артиллерии Краковского замка не взять. Воодушевлённые французы предприняли контратаку со стороны Тынца. Суворов принял решение блокировать Тынец двумя отрядами – Браницкого и Ланга. 2 марта под Тынцом завязался бой с переправившимся через Вислу отрядом маршалка Зиберга. Получив известие о переправе и перестрелках поляков с казаками, Суворов незамедлительно прибыл на место действия. В трёхчасовом сражении русским кавалеристам удалось разгромить этот отряд. Зиберг на пароме переправился к Тынцу. Попытался прорваться к Кракову из Тынца и другой отряд, но его остановили и рассеяли конники графа Браницкого.
Гарнизоном Краковского осаждённого замка железной рукой командовал французский полковник Шуази, готовый к длительной блокаде. Суворов задумал лишить конфедератов надежд на победу, уничтожив отряды в районе Бялы. Для поиска на Бялу сформировали отряд под командованием Браницкого и премьер-майора Ивана Ивановича Михельсона. 28 марта отряд вернулся в Краков с победой, приведя два десятка пленных, в том числе французского полковника Мальцана. На следующий день возле Живца был разбит ещё один небольшой отряд конфедератов. В начале апреля Суворову удалось разгромить несколько малых конфедератских отрядов. 12 апреля Шуази, осознавший бессмысленность сопротивления, отправил к Суворову парламентёра с условиями капитуляции. 15 апреля русские войска вошли в Краковский замок, разоружая конфедератов. Пленных Суворов под конвоем отправил в Люблин. Узнав о краковских событиях, разочарованный генерал Виомениль вместе с группой французских офицеров спешно вернулся на родину.