Александра, конечно, удивил подобный ход противника, и он даже отправил трирему в Исский залив для подтверждения полученного донесения. И в самом деле, новый оборот событий не мог не воодушевлять — ничего так не прельщало Александра, как возможность дать врагу бой на узком поле битвы. Дарий же со своей стороны, как можно думать, скоро разочаровался в результатах затеянной им игры. Спустившись с гор возле Исса, он обнаружил там не более чем госпитальную базу. Персы перебили многих больных и раненых македонян, а других вывели из строя, сделав негодными к бою за счет отсечения правой руки. Чего-то подобного, вероятно, только и стоило ожидать — Дарий не мог оставлять у себя в тылу ни малейшего источника угрозы.
Тем временем Александр со всем находившимся при нем войском развернулся и поспешил на север. Дарий же, возможно, представлял себе намерения неприятеля прямо противоположным образом и думал, что тот попытается спастись бегством, и соответственно, повел армию на юг от Исса с целью не дать врагу уйти. Когда два противника сошлись лицом к лицу, войска их разделяла река Пинар — узкий и ныне довольно маловодный поток. Воины Александра смотрели на север, а Дария — на юг.
В таком положении Дарий «сидел» прямо на линиях коммуникаций македонян. Как бы там ни было, Александру со своей стороны ничто не мешало теперь же идти в Сирию, когда бы не угроза в тылу. Но если уж врагам предстояло встретиться на поле, условия довольно стесненной местности Киликии предоставляли преимущества Александру, ибо там горы и море снижали подвижность неприятельских войск и делали не столь важным их численное превосходство. На первый взгляд обстановка мало чем отличалась от ситуации в предыдущем сражении. Однако тот факт, что враги столкнулись на Гранике весной, когда река разлилась, а Пинар на исходе осени, напротив, полноводностью не отличался, менял характер поля битвы. Тем не менее, Александр вновь приготовился употребить себе во благо стандартную македонскую тактику со свойственной ей действенной координацией пехотного центра и кавалерийских крыльев. В процессе медленного и осторожного продвижения македонян на север узкая кромка прибрежной равнины слегка расширилась, давая Александру шанс построить войско эшелонами и наконец развернуть в боевые порядки. Сам Александр с «товарищеской» конницей дислоцировался на правом крыле, как раз у ограничивавших простор возвышенностей.
Ранее Дарий пребывал в уверенности, что по собственной воле Александр не станет искать решающего сражения, а посему царь царей, вероятно, чувствовал себя не в своей тарелке. Он отправил отряды застрельщиков из 30 000 всадников и 20 000 легких пехотинцев на юг от Пинара с целью выиграть время для дислокации войск. Дарий занял оборонительную позицию, использовав берега Пинара как прикрытие, — там же, где они не обеспечивали надежного заслона, царь царей велел возвести палисады.
Он имел под командованием 30 000 тяжеловооруженных греческих воинов, и они вместе с 60 000 персидских наемников составляли центр его авангарда, а следовательно, в их положении им предстояло противодействовать македонской фаланге. Дарий, безусловно, располагал куда большим числом азиатских пеших солдат, чем его сатрапы на Гранике. Таких воинов он разместил в качестве отрядов поддержки для передовых частей, построив их в линию через все узкое поле битвы; совсем недалеко справа плескалось море, а слева высились горы. В центре порядков находился сам Дарий на боевой царской колеснице. Занимать центральную позицию в сражении являлось вполне привычным для персидских государей, поскольку оттуда им было удобно отдавать приказы командирам отрядов огромных армий справа и слева от себя. Контуры предгорий под Иссом имели такую форму, что заставляли персидский фронт изгибаться вперед на левом фланге, создавая угрозу охвата правого крыла войска Александра. В центре отряды азиатской пехоты, построенные в локальные формирования (т.е. по народностям), стояли так плотно, что ввести их в бой представлялось делом довольно непростым.
В наступавшем войске Александра все отряды левее дислоцированной в центре фаланги находились под командованием Пармениона. На правом крыле стрелки и легковооруженные агриане были посланы выбить с предгорий нависавшие над оконечностью фланга армии неприятельские отряды. Стрелки и агриане удивительно легко достигли цели, и пехотинцы Дария быстро рассеялись, в поисках спасения забираясь выше в горы, откуда уже никакой угрозы не представляли. Тем не менее, Александр отрядил 300 всадников для присмотра за ними.