На самом высоком уровне армией командовали штабные офицеры, царские телохранители и прочие военачальники. Войско часто делилось на корпуса (
Командование было централизованным — царь сам отдавал приказы войску через личного горниста. А за трубачом Александра команду подхватывали горнисты отдельных частей.
Вся держава Александра управлялась с помощью секретариата, разделенного на отдельные секции, во главе последних стояли царские секретари, равные званием с царскими телохранителями. Армейским секретариатом заправлял Евмен Кардийский. Людьми, служившими в секретариатах, хотя они могли оказаться весьма способными и даже принадлежать к числу «личных товарищей» царя, бывали обычно те греки, которым их темное происхождение или физические недостатки не позволяли получить полевое командование, а следовательно, командиры войск презирали их.
Армейский секретариат базировался в шатре царского секретаря войска, где хранилась вся корреспонденция, имевшая отношение к армии, и вся армейская документация. Основой последней являлись списки, фиксировавшие количество призванных и наличествующих в частях воинов, в канцелярских записях отражались моменты выплаты жалованья и выдачи снаряжения, притока пополнений, а порой размеры и количество пищевого довольствия для солдат; на основании учетных документов также производились награждения и повышения. Оружие, доспехи, обмундирование, посуда и вьючные животные — все это распределялось скорее целевым образом время от времени, чем на регулярной основе по мере возникновения потребности. Посему можно сделать вывод о накапливании централизованных запасов всего необходимого в обозе. Довольствие распределялось по «лохой», или лохам (частям из 256 человек), в пехоте и «илай», или илам (эскадронам), иначе, по гекатостиям (сотням), в кавалерии. Дальнейшая обязанность по распределению всего поступления лежала на слугах в каждой части.
Армейский секретариат состоял из разных отделов, в каждом из которых возглавлявшему его секретарю помогали несколько инспекторов. Существуют данные о наличии секретаря по вопросам кавалерии и секретаря по наемникам для Египта с двумя подчиненными ему помощниками. Есть также свидетельства перевода инспекторов из главного войска в провинции, где армия оставляла за собой вооруженные контингенты.
На самом низшем тактическом уровне у пехотинцев помещалась «декада» (колонна из десяти человек), которая, как показывает название, включала в себя некогда десяток воинов, но незадолго до воцарения Александра выросла до 16 человек. Шестнадцать таких отрядов (16 х 16) образовывали