В таком положении Дарий «сидел» прямо на линиях коммуникаций македонян. Как бы там ни было, Александру со своей стороны ничто не мешало теперь же идти в Сирию, когда бы не угроза в тылу. Но если уж врагам предстояло встретиться на поле, условия довольно стесненной местности Киликии предоставляли преимущества Александру, ибо там горы и море снижали подвижность неприятельских войск и делали не столь важным их численное превосходство. На первый взгляд обстановка мало чем отличалась от ситуации в предыдущем сражении. Однако тот факт, что враги столкнулись на Гранике весной, когда река разлилась, а Пинар на исходе осени, напротив, полноводностью не отличался, менял характер поля битвы. Тем не менее, Александр вновь приготовился употребить себе во благо стандартную македонскую тактику со свойственной ей действенной координацией пехотного центра и кавалерийских крыльев. В процессе медленного и осторожного продвижения македонян на север узкая кромка прибрежной равнины слегка расширилась, давая Александру шанс построить войско эшелонами и наконец развернуть в боевые порядки. Сам Александр с «товарищеской» конницей дислоцировался на правом крыле, как раз у ограничивавших простор возвышенностей.
Ранее Дарий пребывал в уверенности, что по собственной воле Александр не станет искать решающего сражения, а посему царь царей, вероятно, чувствовал себя не в своей тарелке. Он отправил отряды застрельщиков из 30 000 всадников и 20 000 легких пехотинцев на юг от Пинара с целью выиграть время для дислокации войск. Дарий занял оборонительную позицию, использовав берега Пинара как прикрытие, — там же, где они не обеспечивали надежного заслона, царь царей велел возвести палисады.
Он имел под командованием 30 000 тяжеловооруженных греческих воинов, и они вместе с 60 000 персидских наемников составляли центр его авангарда, а следовательно, в их положении им предстояло противодействовать македонской фаланге. Дарий, безусловно, располагал куда большим числом азиатских пеших солдат, чем его сатрапы на Гранике. Таких воинов он разместил в качестве отрядов поддержки для передовых частей, построив их в линию через все узкое поле битвы; совсем недалеко справа плескалось море, а слева высились горы. В центре порядков находился сам Дарий на боевой царской колеснице. Занимать центральную позицию в сражении являлось вполне привычным для персидских государей, поскольку оттуда им было удобно отдавать приказы командирам отрядов огромных армий справа и слева от себя. Контуры предгорий под Иссом имели такую форму, что заставляли персидский фронт изгибаться вперед на левом фланге, создавая угрозу охвата правого крыла войска Александра. В центре отряды азиатской пехоты, построенные в локальные формирования (т.е. по народностям), стояли так плотно, что ввести их в бой представлялось делом довольно непростым.
В наступавшем войске Александра все отряды левее дислоцированной в центре фаланги находились под командованием Пармениона. На правом крыле стрелки и легковооруженные агриане были посланы выбить с предгорий нависавшие над оконечностью фланга армии неприятельские отряды. Стрелки и агриане удивительно легко достигли цели, и пехотинцы Дария быстро рассеялись, в поисках спасения забираясь выше в горы, откуда уже никакой угрозы не представляли. Тем не менее, Александр отрядил 300 всадников для присмотра за ними.
В последний момент он отозвал два эскадрона конных «товарищей» со сравнительно центральных позиций, которые они занимали, и отправил на усиление правого крыла. Данная перестановка имела, вне сомнения, важное значение, поскольку Александр уже перебросил изначально дислоцированную на правом крыле фессалийскую кавалерию на позицию слева, где сосредотачивались особенно большие силы персов. И в самом деле, Дарий, едва только он смог вывести конницу прикрытия из-за реки, сконцентрировал эти формирования у себя справа против Пармениона. Находившийся вблизи моря участок равнины там, безусловно, благоприятствовал действиям всадников. Оба последних перестроения Александр произвел скрытно. Фессалийцы поскакали в обход через тылы продвигающейся армии, а воины «товарищеской» конницы, которым строго-настрого наказали проделать все незаметно для противника, как можно предполагать, использовали в качестве прикрытия выступы породы, тянувшиеся от предгорий к морскому берегу.
Александр продолжал потихоньку идти вперед, следя, чтобы войско сохраняло ровный фронт. Затем он оказался на дистанции «огня» с неприятелем.