Щусев был и депутатом, заседал во всяких комиссиях и комитетах. Много ездил по стране, часто выезжал за границу. Когда врачи настоятельно рекомендовали зодчему пожить месяц-другой в санатории, подлечиться, он не в силах терпеть безделье, вновь рвался в свою мастерскую, на работу, в музей архитектуры или в Институт истории искусств, где руководил сектором, в Академию наук, в Архитектурный институт, читать лекцию (а оратором он был прекрасным, многим памятны его лекции в Политехническом музее) и т. д. и т. п. Иными словами, Алексей Викторович всю свою жизнь работал, будто на износ, прекрасно осознавая это. Обязанностей у него с годами было все больше, а сил все меньше.
Такая работоспособность не могла не сказаться на его здоровье. Неудивительно, что к своим семидесяти пяти годам Щусев собрал не только богатый урожай орденов и премий, но и приобрел букет хронических заболеваний: сердце, диабет, гипертония, астма и т. д. При этом Алексей Викторович, несмотря ни на что, дал себе зарок дожить до восьмидесяти пяти лет.
Физические недуги осложнялись непростой моральной обстановкой в семье. С супругой Марией Викентьевной они отметили золотую свадьбу, дом их был хлебосольным, а обеденный стол большим. К концу жизни они переехали на Ленинский проспект, в дом, выстроенный по собственному проекту Щусева (ныне дом номер 13). Была и дача в Мозжинке под Звенигородом, в поселке академиков.
Для непосвященных жизнь академика напоминала полную чашу, до отказа забитую всеми возможными благами, причитавшимися лучшим представителям советской элиты: продуктовый распределитель, персональный автомобиль, личный секретарь, безбедное существование, спецполиклиники и больницы, санатории и т. п. Короче говоря, все, о чем могло лишь мечтать подавляющее число советских граждан, получающих зарплату облигациями и работающих за трудодни. Но впечатление счастья было обманчиво. Все было бы хорошо, если бы не тяжелая болезнь детей Щусевых.
Началась эта черная полоса примерно в году 1918-м, когда заболела менингитом младшая дочь. К ней Алексей Викторович был особенно привязан, последние дети — они ведь самые дорогие. Особенно любил он читать ей на ночь сказки, разыгрывая перед ней целый спектакль, пел для нее на гитаре. Девочку спасти не удалось.
Новым тяжким ударом была неожиданно обострившаяся болезнь старшего сына Петра. Он был очень похож на отца и по характеру, и по темпераменту, мог бы стать замечательным художником. Щусев видел в нем самого себя. Петр учился в МУЖВиЗ. На последнем курсе во время сдачи выпускных экзаменов, у него, вдруг стали случаться приступы ярости или беспричинного веселья. Доктора объяснили Щусевым, что так проявил себя давно дремавший в сыне вялый вирус того же менингита. И вот когда организм ослаб, болезнь и наступила. Петра пришлось положить в клинику, выйти откуда шансов у него было немного. Затем эта же болезнь передалась его сестре Лидии, ставшей в итоге инвалидом.
Можно только представить, что творилось у Щусева на душе, как болело его сердце за детей, за тяжело переносившую все это жену. Теперь все свои надежды Алексей Викторович связывал с младшим сыном Михаилом, ставшим, к удовольствию отца, продолжателем его дела и работавшем в его мастерской (в будущем главным инженером Государственного института по проектированию научно-исследовательских институтов и лабораторий АН СССР).
В мае 1948 года неугомонный Щусев, занимавшийся еще и восстановлением Киева, вылетел в столицу Украины, наплевав на запрет докторов. Там его и свалил сердечный приступ. Его перевезли в Москву, но состояние зодчего было уже слишком тяжелым. 24 мая Алексей Викторович скончался. В эти дни академик Сергей Вавилов запишет в дневнике об этой новости: «…Почти не трогает, потому что сам готов умереть каждую минуту». Времена стояли тяжелые…
В некрологе, напечатанном «Правдой», жизни и деятельности архитектора была дана самая высокая оценка:
«
Невозвратимую утрату понесла советская архитектура и архитектурная наука. Умер академик Алексей Викторович Щусев — талантливейший зодчий, выдающийся ученый, педагог и общественный деятель, которым по праву гордилась советская культура. Советские архитекторы лишились своего любимого руководителя, много лет стоявшего во главе прогрессивного архитектурного движения. Перестало биться сердце советского патриота, горячо любившего родную страну и ее передовое искусство.
Прекрасный знаток русского архитектурного наследия, Алексей Викторович Щусев был прямым продолжателем великих традиций русской архитектуры. А. В. Щусев с редкой проникновенностью умел поставить все богатство русского архитектурного наследия на службу задачам, социалистической культуры. Он также глубоко понимал архитектуру братских республик и использовал в своем творчестве ее сокровища. Жизнь А. В. Щусева — пример неустанного творческого горения, страстного служения искусству любимой Родины.