В феврале 1990 года, ещё при Патриархе Пимене, Синод обратился к правительству с просьбой разрешить восстановление храма-памятника на его прежнем месте. Тогда Горбачёву эта идея показалась бредовой: «Ну как же, крупнейший бассейн в Европе, наша гордость, понимаете ли, а мы его засыплем и будем строить гигантский храм, неизвестно, на какие шиши! Вот и Раиса Максимовна меня поддерживает!» Но опекаемая Патриархом Пименом, а затем Алексием II община продолжала действовать. Из уральского гранита был изготовлен огромный камень с высеченной надписью «Закладной камень часовни во Имя Державной Божией Матери — предтечи Храма Христа Спасителя, который будет возрождён на этом святом месте». 25 ноября 1990 года Святейший совершал литургию в Богоявленском Елоховском соборе и благословил членов общины на установку закладного камня. С этого дня его и святителя Филарета (Дроздова) стало объединять ещё одно важнейшее дело — строительство, храма Христа Спасителя. При Филарете его построили, при Алексии — возродят.
То было незабываемое событие. Холодный ноябрьский день, ледяной ветер несёт в себе пронизывающую влагу с водяной поверхности подогреваемого бассейна, но у всех такое чувство, будто сейчас уже начнётся восстановление храма. Портреты государя Николая II, чёрно-золото-белые знамёна, транспарант с надписью «Храму Христа Спасителя — быть!»... После того как камень привезли и установили, состоялся молебен. Потом все обнимались и христосовались, как на Пасху. «И каждый думал, что радость будет...» И она будет. Но и горя пережить предстояло немало.
Введенская мужская обитель, знаменитая Оптина пустынь была передана Церкви ещё в 1987 году. Страшно разорённая за предыдущие годы, она медленно, с трудом восстанавливалась, постепенно пополнялась братия. В начале декабря Святейший посетил сначала Калугу, затем Оптину, совершил всенощное бдение и литургию, подбодрил монахов. Ему с трепетом внимал недавно рукоположенный в иеромонахи бывший член сборной СССР по водному поло Игорь Росляков, отныне инок Василий. Радовались приезду Святейшего пока ещё послушники Владимир Пушкарёв и Леонид Татарников. Все трое ещё не знали, что через три года станут оптинскими новомучениками...
А под занавес уходящего 1990 года произошло ещё одно счастливое и дающее свет надежды событие — нашлись мощи преподобного Серафима Саровского. Почитая святителя Филарета (Дроздова), Святейший глубоко почитал и Серафима, коего прославление началось с того, что Филарет благословил написанное схимонахом Марком «Краткое начертание жизни» с духовными наставлениями отца Серафима, а затем «Сказание о жизни и подвигах» преподобного. Всё это было опубликовано вскоре после кончины Саровского подвижника. А окончательная канонизация произошла уже в 1903 году по велению императора Николая II.
В 1922 году мощи преподобного Серафима были изъяты и перевезены в Музей религиозного искусства, находившийся в московском Донском монастыре. Там же, в Донском, под домашним арестом проживал Патриарх Тихон. И в Донском же имелся храм Серафима Саровского, освящённый в 1914 году. После кончины Патриарха Тихона сей храм был превращён в первый московский крематорий, который циничные большевики называли «кафедрой безбожия». А мощи преподобного Серафима с той поры бесследно исчезли. Впрочем, тут множество загадок. Есть свидетельства, что до Москвы они так и не доехали, что дивеевские монахини подпоили охранников и выкрали у них мощи, так что в Москву приехал пустой просфорный ящик. В восьмидесятые годы на все запросы, которые делала Патриархия, сотрудники музея отвечали, что таковых мощей у них нет.
В декабре 1990 года Музей атеизма закрывался, вместо него должен был появиться Государственный музей истории религий. Предстоял полный пересмотр всех фондов музея, и нужно было внимательно отследить, если появится что-то из утраченного, чтобы оно не уплыло куда-нибудь, ибо всеобщее разворовывание страны уже шло полным ходом. Святейший поручил своему верному помощнику епископу Арсению быть в курсе событий. Тот получил уверения от директора Станислава Алексеевича Кучинского, что в фондах музея никаких мощей нет, кроме частиц в иконах, и те частицы будут возвращены в храмы. Но вдруг Кучинский позвонил и сообщил нечто важное... Вот как сам владыка Арсений описывает происходившее:
«Мы договорились о встрече, и он приехал ко мне. Станислав Алексеевич сообщил о том, что после решения о возвращении РПЦ Казанского собора, в котором размещался Музей атеизма, началось освобождение запасников... И вот в одном из запасников, среди гобеленов, были найдены завёрнутые в рогожу останки, по-видимому, какого-то святого. В описи они не значились. Когда рогожу развернули, увидели мощи с надетыми на руки рукавичками. На одной было вышито: “Преподобие отче Серафиме”, на другой — “Моли Бога о нас”.