Закон призван был бороться с проявлениями любой религиозной нетерпимости и разжиганием вражды на почве веры и вероисповедания. Подтверждалось отделение Церкви от государства, поскольку необходимость такого отделения признавалась Церковью за благо и доселе оно только декларировалось, а на самом деле государство постоянно вторгалось в якобы отделённую от него Церковь. Отныне государству не разрешалось финансировать ни представителей религий, ни поборников атеизма. В свою очередь, религиозные организации не получали права оказывать финансовую поддержку каким-либо партиям. В государственных школах не разрешалось преподавать религиозные предметы, но представители религий могли теперь создавать свои школы, в которые родители могли добровольно отдавать своих детей. Разрешалось создавать любые религиозные организации, которые государство обязано было при наличии устава регистрировать в качестве юридических лиц.
Важный пункт — установленное для религиозных организаций преимущественное право на передачу им со стороны государства культовых зданий с прилегающей территорией. Теперь можно было просить у государства отнятое за годы советской власти не в расчёте на милость чиновников, а опираясь на букву закона. Причём «решения по вопросу о передаче религиозным организациям культовых зданий и имущества должны приниматься не позднее чем в месячный срок с момента получения соответствующего ходатайства, с одновременным сообщением об этом в письменном виде заявителем». Религиозные организации становились собственниками зданий и прочего имущества, могли отныне «учреждать издательские, полиграфические, производственные, реставрационно-строительные, сельскохозяйственные и другие предприятия, а также благотворительные заведения (приюты, интернаты, больницы и другие), обладающие правами юридического лица» и облагающиеся налогами наравне с другими такими же.
Отныне на законных основаниях можно было поддерживать паломничества, проводить богослужения не только в храмах, но и на кладбищах, в учреждениях, квартирах, в воинских частях, на предприятиях, в больницах и домах престарелых, исправительных лагерях и тюрьмах.
Разрешалось «приобретать и использовать религиозную литературу на языке по своему выбору, а равно другие предметы и материалы религиозного назначения», «производить, экспортировать, импортировать и распространять предметы религиозного назначения, религиозную литературу и иные информационные материалы религиозного содержания».
Религиозные организации могли отныне принимать людей на работу по трудовому договору, устанавливать заработную плату и премии, увольнять, а Пенсионный фонд обеспечивал их пенсиями в соответствии с полученными отчислениями.
И, наконец, государственный орган СССР по делам религий отныне становился не руководящим и надзирающим, а лишь информационным, консультативным и экспертным центром, то есть вспомогательным.
Обсуждение закона о свободе совести стало первым пунктом повестки дня на Архиерейском Соборе в Даниловском монастыре 25—27 октября 1990 года. Это был первый Собор, проходивший под руководством Патриарха Алексия II. Участвовало в нём девяносто архиереев.
Сразу же по окончании Собора Святейший отправился в Киев, где провозгласил независимость Украинской Церкви, «даруемую ради преодоления раскола и водворения мира церковного». Он вручил митрополиту Филарету (Денисенко) грамоту и совершил вместе с ним литургию в Софийском соборе.
Эта поездка изрядно потрепала Святейшему нервы, отняла много сил и здоровья. Когда он вручал у врат древнего киевского собора грамоту, на самой Софийской площади происходила манифестация, устроенная националистами движения «Рух», основанного в 1989 году под руководством поэта Ивана Драча. Вдохновляемые бесноватыми призывами своего вождя, руховцы начали творить расправы над всеми, кто не желал вражды между украинцами и русскими. 28 октября в Киеве как раз проходили Вторые всеукраинские сборы «Руха», и в то время, как Святейший провозглашал независимость Украинской Церкви и совершал литургию, новые бандеровцы устроили драку, грозившую перерасти в настоящее кровавое побоище. Лишь молитвами Московского Патриарха не произошло масштабной трагедии.
С горечью отметим, что дарование независимости Украинской Церкви, призванное успокоить Украину, митрополит Филарет (Денисенко) в дальнейшем использовал только для укрепления своей личной власти и ещё большего раскола.