Вскоре после освобождения псковских земель от оккупантов органы НКВД стали арестовывать всех членов Псковской Православной миссии. Приговоры им были суровые. От десяти лет до двадцати. Многие не вернулись потом из лагерей. Начальник миссии протопресвитер Кирилл Зайц, арестованный в Шяуляе, получил «двадцатку» и через четыре года окончил свои дни в казахстанском лагере. Начальник канцелярии Псковской миссии протоиерей Николай Жунда также получил двадцать лет и умер от туберкулёза в лагере Красноярского края. Печерский епископ Пётр Пяхкель получил «десятку» и тоже сгинул в лагерях. Такова же судьба многих, многих других...
Но многим Бог дал и вернуться из мест заточения. Протоиерей Николай Шенрок, получив двадцать лет, был освобождён через одиннадцать из того же казахстанского лагеря, в котором скончался Кирилл Зайц. Вернулся из того же лагеря протоиерей Сергий Ефимов. Священник Иаков Начис, получив десять лет лагерей, и отбыв их «от звонка до звонка», стал служить в единственном действующем православном храме в Республике Коми, потом в церкви, Мурманской области, превращённой в храм из лагерного барака.
Многие из священников Псковской Православной миссии при наступлении советских войск эмигрировали и окончили свои дни за границей, кто в Швеции, кто в Германии, кто в Америке. Такова судьба Ревельского митрополита Александра (Паулуса), Рижского митрополита Августина (Петерсона), протоиереев Георгия Бенигсена, Алексия Ионова, Владимира Толстоухова, Иоанна Лёгкого и десятков других. У кого повернётся язык их осудить?..
На Эстонию деятельность Псковской Православной миссии в годы войны не распространялась, поскольку здесь было много действующих православных храмов. Но эстонские священники во время оккупации вели себя так же, как и члены Псковской Православной миссии. Эстония превратилась в огромный концлагерь, и здесь тоже необходимо было оказывать помощь заключённым. Среди тех, кто особенно проникся сердцем к судьбе этих несчастных, был и отец Михаил Ридигер. Вот как об этом впоследствии вспоминал его сын: