13 августа в гости к Патриарху в Переделкино приехал президент Путин. Он вручил ему букет из тридцати трёх белоснежных роз и первым делом порадовался, что видит Предстоятеля в добром здравии. Они долго беседовали — и о счастливом улучшении отношений с зарубежниками, и о предстоящем в октябре Архиерейском Соборе, и о многом другом. В частности, о возвращении в Россию чудотворного списка с утерянного образа Казанской Божией Матери. Этот список висел в покоях у папы римского Иоанна Павла II, который весьма почитал сей образ и дважды в день совершал пред ним молитву. В ноябре 2003 года Путин встречался с папой, и тот выразил неожиданное желание возвратить список в Россию. Ходили даже слухи о том, что Иоанн Павел II во время молитвы пред чудотворным образом услышал гневные слова Богородицы, упрекавшей его за недружественные действия против России.
Живя на белом свете, мы не перестаём удивляться, как по одной и той же благословенной земле могут ходить святые праведники, желающие всем добра и счастья, и кровожадные выродки, только по виду человеки!.. В последний день августа в Москве около станции метро «Рижская» прогремел взрыв, пострадали прохожие, в том числе дети. А начало сентября принесло всему миру новую страшную трагедию — мучения и смерть детей Беслана.
Весь сентябрь шла подготовка к Архиерейскому Собору, который открылся 3 октября литургией в храме Христа Спасителя и затем перекочевал в зал Церковных заседаний. Святейший выступил с обширным докладом, в котором подводил итоги, намечал планы на будущее, радовался достижениям и сокрушался по поводу недочётов и ошибок.
— Во всех странах христианского мира ушедшее столетие было временем дальнейшего отступления от христианства и наступления на христианство, временем торжества секуляризма, — говорил он о XX веке. — Безрелигиозное мировоззрение объявляло христианские истины несостоятельными с точки зрения науки; психология рассматривала веру как патологическую форму сознания; социальные учения объясняли деятельность Церкви исключительно утилитарными, земными целями... Сегодня все мы, православные христиане, призваны если не к мученичеству в буквальном смысле, то к постоянному и неуклонному свидетельству — словом, делами, всей жизнью. Взирая на пример наших собратьев и соотечественников, стойко претерпевших гонения за веру, мы обязаны помнить о том, что каждый христианин и во времена мира, и в годину испытаний должен быть мужественным свидетелем Истины, готовым отдать все блага здешней, земной жизни за Христа и Его Церковь. И сегодня одна из главнейших задач нашей Церкви в области пастырской деятельности — научить народ не бояться быть верующим, открыто и последовательно свидетельствовать о своей вере... Многие из нас, священнослужителей, склонны успокаиваться, поскольку открытые гонения прекратились и в наших церковных общинах наблюдается приток новых членов. Порой нам кажется, что теперь с религией «всё в порядке» и всякий, кто изъявляет желание участвовать в церковной жизни, может свободно прийти в Церковь и сделать свой вклад в возрождение её жизни. Но при этом мы склонны забывать, что одно из служений Церкви — это апостольство, то есть посланничество в мир. Мы часто не осознаём, что современный мир сегодня с новой силой взыскует духовной истины, жаждет услышать пророческое, но в то же время внятное, разумное слово Церкви. Мир взыскует Бога, часто неосознанно. И потому задача свидетельства сегодня является приоритетной для нас... Нужно стремиться к подлинному воцерковлению нашего общества, к тому, чтобы Православие стало нормой жизни наших сограждан... Мы должны направить свои усилия не только на строительство храмов, но и на преображение внутренней жизни христиан, что невозможно без созидания духовно здоровых православных общин, без устроения взаимоотношений между всеми членами Церкви на началах братской любви и взаимной заботы... Если попытаться выразить основную задачу нашей Церкви на будущее, то, думается, правильным было бы сказать, что мы должны достичь максимально возможной координации деятельности всех частей церковного организма...
Архиерейский Собор выработал целый ряд определяющих документов по всем сферам деятельности Церкви. 6 октября в Александровском зале Большого Кремлёвского дворца участников Собора принял президент страны.
Заканчивался год последнего юбилея Святейшего... Год, в который многое срослось, исчезли многие недопонимания в обществе, в его отношении к Церкви. Церковь стала в большей степени частью общества, нежели раньше.
Отныне дни памяти святителя Филарета Московского можно было отмечать при его гробе в храме Христа Спасителя. 2 декабря в своём слове о нём Святейший Патриарх говорил: