Но всё это было ещё впереди, а пока люди жили весенним сладким воздухом надежд. У митрополита Алексия сей первый год перестройки складывался следующим образом: Рождественские праздники в Эстонии, потом снова разъезды, Пасха в Эстонии, в апреле посещение Болгарии, молитвы у мощей Иоанна Рыльского и на Шипке. 8 июня в Свято-Даниловом монастыре состоялось первое освящение престола — в храме Покрова Богородицы в нижнем этаже собора Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. А 15 октября в отреставрированный новый братский корпус переехал Отдел внешних церковных сношений. В конце осени Таллинский владыка ездил по югу России, совершал богослужения в храмах Ростова-на-Дону, Новочеркасска, побывал на Волге — в Самаре, тогда ещё Куйбышеве.
7 ноября владыка был в Москве, его пригласили в Кремль на празднование очередной годовщины «Великого Октября», там он имел короткую беседу с Горбачёвым и в декабре решил написать ему письмо. Вот основные положения этого довольно длинного послания:
«Закон об отделении Церкви от государства — основополагающий принцип, на котором строятся наши отношения, — отнюдь не означает, что Церковь находится вне государства, а верующие граждане — вне советского общества. Напротив, тысячами видимых и невидимых нитей Церковь связана с государством, а верующие нашей страны заняты практически во всех сферах экономической и социальной жизни. Одним словом, отделение Церкви от государства не исключает сотрудничества между ними и даже, более того, только при отделении и возможно подлинное сотрудничество».
«Русская Православная Церковь может внести существенный вклад в патриотическое и гражданское воспитание, в дальнейшее укрепление единства нашего общества, что столь необходимо в нынешней сложной международной обстановке. В церковной проповеди следует большее внимание уделять разъяснению необходимости добросовестного отношения к труду, к умножению общественного достояния, бережного отношения к хлебу насущному, деятельному участию в охране окружающей среды, в охране памятников истории и культуры — к решению всех тех задач, которые стоят перед обществом. Церковь могла бы более активно и решительно бороться с различными пороками и “болезнями в обществе”, не только с пьянством, но и с моральной распущенностью, чёрствостью, эгоизмом, добиваясь укрепления советской семьи как важнейшей ячейки общества, выступать за духовное и нравственное здоровье людей».
«Русская Православная Церковь всегда жила чаяниями и интересами своего народа. С ним она была и в радости, и в годину испытаний. В прошлом она содействовала становлению и единству нашего государства. Её патриотическое служение в суровые годы Великой Отечественной войны не требует доказательств».
«Наше государство, как нам известно, позитивно оценивает миротворческую деятельность Русской Православной Церкви. Эта деятельность разнообразна и в определённой степени дополняет усилия советского правительства и общественных сил, направленные на упрочение всеобщего мира.
Так, например, в результате активного участия представителей Русской Православной Церкви положительную деятельность, направленную на укрепление международного мира, осуществляют такие христианские международные организации, как Всемирный Совет Церквей, Конференция Европейских Церквей и Христианская Мирная Конференция. Также накоплен положительный опыт межрелигиозного сотрудничества в предотвращении угрозы ядерной катастрофы. Однако я убеждён, что вклад Русской Православной Церкви в этой области мог бы быть и более существенным, если бы мы действовали, руководствуясь не сиюминутными задачами, а долгосрочной внешнецерковной политикой, которая требует разработки». «Необходимо признать, что для выполнения важных задач, о которых сказано выше, Русская Православная Церковь в полной мере ещё не готова. Следует провести трудоёмкую подготовительную работу, готовить соответствующие кадры. Назрел также вопрос о пересмотре существенных республиканских законодательств в отношении религиозных объединений, которые устарели и не отвечают новым реальностям, сложившимся в нашем обществе и государстве. Назрела необходимость выработки общесоюзного законодательства. Мы ощущаем необходимость в повышении роли и авторитета Совета по делам религий при СМ СССР как компетентного органа, ответственного за разработку и проведение государственной политики в отношении религиозных объединений».