Вернувшись в СССР, он вновь окунулся в привычные дела: из Таллина в Москву, из Москвы в Таллин. Чаще, чем прежде, стал совершать богослужения совместно с Патриархом Пименом. Разбирал ворохи бумаг, оставаясь на посту управляющего делами Московской Патриархии. Руководил возрождением Свято-Данилова монастыря. Об этой работе он вспоминал потом: «В канун 1000-летия Крещения Руси мы обратились в Совет по делам религий с просьбой о создании комиссии, желательно на правительственном уровне, чтобы достойно отметить юбилей Православия. Нам ответили, что ни государство, ни общественность не будут принимать в этом никакого деятельного участия. Мол, это внутренний церковный юбилей, и нечего по этому поводу будоражить народ. Тогда в 1983 году мы образовали свою комиссию и стали по мере возможностей действовать. Начинать следовало с создания духовного и административного церковного центра. Мы попросили у властей, чтобы нам передали один из московских монастырей, который бы мы могли использовать сообразно своим целям. Возражений не последовало. Тогда мы начали выбирать: посмотрели Донской и Новоспасский монастыри, но в них исключалась возможность нового строительства. Был ещё, конечно, Данилов монастырь, где в то время размещалась колония для несовершеннолетних преступников. Правда, он находился в таком неприглядном состоянии, что власти его даже не предлагали. И всё-таки мы остановились на этой обители. Меня назначили председателем комиссии по реставрации и строительству. Взялись за дело, и через несколько лет это место стало неузнаваемым — так всё переменилось, преобразилось в Даниловом монастыре. И только одно мешало этой красоте выглядеть по-настоящему празднично: соседний с монастырём храм Воскресения Словущего по-прежнему оставался обезглавленным, а в его стенах выполняла очередной пятилетний план московская фабрика по производству зонтов. Освободить здание храма должны были в 1987 году. Мы пригласили директора завода на заседание нашей комиссии, где попросили его позволить нам привести Божий храм хотя бы с внешней стороны в надлежащее состояние. Он ответил, что должен посоветоваться с коллективом... Через неделю директор заявил, что вопрос ремонта храма обсудил их партийный комитет. Решение такое: коллектив фабрики не может трудиться под крестами, поэтому ничем помочь нам они не могут... На что я, не удержавшись, возразил: “А как же в Кремле, в окружении крестов кремлёвских соборов проходят съезды коммунистической партии?” Директор насупился и ушёл. Вскоре храм начали реставрировать».
Наступил 1985 год. Канули в прошлое сатанизм ленинских времён, зверства сталинских и дурь хрущёвских, всё это уже казалось таким далёким и навсегда ушедшим в небытие. 10 марта от цирроза печени умер генеральный секретарь Черненко, ставший последним человеком, похороненным у Кремлёвской стены. По нему митрополит Алексий панихиду не служил. В народе родилась шутка: «Теперь похороны генсеков стали ежегодным праздником». Но 11 марта был избран неожиданно молодой по тогдашним меркам Михаил Сергеевич Горбачёв, коему только что исполнилось пятьдесят три года. Очень быстро о нём заговорили как о человеке, при котором страна воспрянет, очистится от опостылевшей коммунистической шелухи, станет сильной и процветающей. Но довольно быстро, не прошло и года, как стало ясно: болтун, демагог, и нашим и вашим, а то и того хуже — предатель.
Первым делом развернулась борьба за трезвость. Но она обернулась истреблением ценнейших виноградников, а народ начал травиться палёными напитками и, что ещё хуже, прибегать к более страшным способам одурманивания, прочно сел на иглу, на травку, на кокаин. «На водке в коммунизм не въедешь!» — талдычил новый генеральный секретарь, тотчас прозванный «минеральным». Но и без водки ни в какой коммунизм он страну не приволок, этот типичнейший персонаж «Истории одного города» Салтыкова-Щедрина. Он объявил «перестройку», а на самом деле вверг страну в очередную смуту. Перестройка промышленности, для которой было характерно чередование полумер с перегибами, привела к краху всей экономики нашей сверхдержавы. Внешний долг за годы правления Горбачёва вырос почти втрое. Золотой запас с 2500 тонн в 1985 году снизился до 240 тонн в 1991-м. Курс рубля к доллару в 1985-м составлял 64 копейки, а в 1991-м — 90 рублей. Войну в Афганистане Горбачёв закончил так, что она выглядела как сокрушительное поражение. Его пресловутая «гласность» привела к потере нравственных ориентиров, ко всеобщему вытряхиванию старых обид, к стремительному росту национализма во всех республиках СССР и в итоге разожгла десятки очагов ненависти, едва не ввергнув страну в пучину гражданской войны.