Пребывая на Святой горе, он и его спутники много ходили пешком. 18 ноября они дошли до греческого монастыря Ксенофонта, посетив его, двинулись дальше, в Дохиар, обитель, известную чудотворной иконой «Скоропослушница», перед которой владыка Алексий совершил молебен и акафист. Переночевав у гостеприимных греков, на другой день отправились к болгарам в Зографский монастырь, и там митрополит Таллинский отслужил литургию. Вернувшись в Свято-Пантелеимонов, 20 ноября служил всенощную в Покровском соборе, а 21-го — литургию в храме Целителя Пантелеймона, после чего состоялся крестный ход к храму Александра Невского. Пришло время прощаться с Новым Русиком. Вскоре паломники вернулись на родину. В декабре митрополит Алексий уже снова служил в дорогом его сердцу соборе Александра Невского в Таллине.
Между тем Московский Патриархат затеял весьма важное мероприятие, призванное показать всему миру, что Православная Церковь в России не только жива, но после хрущёвских гонений год от года набирает силу. 23 декабря 1980 года Священный Синод постановил начать подготовку к празднованию 1000-летия Крещения Руси. Была образована юбилейная комиссия под председательством Патриарха Пимена, но главным действующим лицом этой комиссии призван был стать заместитель председателя. И им избрали митрополита Таллинского Алексия. Предполагалось, что празднование станет сугубо внутренним церковным торжеством. Мало кто тогда мог представить, что юбилей окажется общегосударственным.
Юбилей Крещения Руси отмечался в русской истории лишь единожды — летом 1888 года. Государь Александр III придавал празднованию огромное значение, призывая воскрешать православное миропонимание ради искоренения вредных революционных идей. Вдохновителями стали Киевский митрополит Платон и обер-прокурор Святейшего Синода, выдающийся деятель России Константин Петрович Победоносцев. Празднование проходило в строгих тонах, без увеселений — крестные ходы, речи, освящение новых или обновлённых храмов, торжественные трапезы. В общем, всё прошло чинно и благородно. Митрополит Платон, подводя итог юбилею, сказал: «Пусть это будет приготовлением к тысячелетию, как повечерие перед литургией».
Главным недостатком тогдашних торжеств стало то, что идея родилась поздно, за полгода, и многое из запланированного попросту не успели подготовить. Теперь же решили начать подготовку аж за семь с половиной лет до юбилейного 1988 года.
Одним из событий 1981 года в жизни владыки Алексия стало награждение его орденом Апостолов Петра и Павла, который вручает древнейшая Антиохийская Православная Церковь, имеющая свою юрисдикцию в Сирии, Ливане, Ираке и Кувейте.
В мае 1982 года митрополит Алексий снова побывал на Афоне, совершал литургии в Покровском соборе Свято-Пантелеимонова монастыря.
Этот год стал последним в жизни Леонида Ильича Брежнева, руководителя Советского государства, при котором прекратились гонения на Церковь. Когда он скончался, говорили, будто его совершенно секретно отпевали. Нет, отпевания не было, была панихида. И совершил её в Патриаршем Богоявленском Елоховском соборе не кто иной, как митрополит Таллинский Алексий, о чём есть его собственноручная запись от 14 ноября: «Панихида в Патр, соборе по Л. И. Бр.». И надо полагать, совершал он сие заупокойное чинопоследование от всей души, поскольку новопреставленный был первым лидером большевистского государства, которого за его деяния не проклинали христиане. Перед самой своей кончиной Брежнев подписал указ о передаче Церкви Донского монастыря в Москве.
А на смену ему пришёл деятель, от которого вполне можно было ожидать возобновления борьбы советской власти против верующих. Однако Юрий Владимирович Андропов начал своё правление с борьбы против преступности, коррупции, против халатного отношения к работе, против тунеядцев. Рождество Христово 1983 года он отметил принятием постановления «Об укреплении трудовой дисциплины», в феврале развернул борьбу против «русской партии» в среде писателей и журналистов, а летом переданный Брежневым Донской монастырь заменил на Даниловский. Это была первая обитель, которую большевики вернули за все годы своей безбожной власти.