Митрополит Ленинградский и Новгородский во время всех заседаний сидел рядом с Патриархом Пименом по правую руку. По регламенту там должен был сидеть Харчев, но председатель Совета по делам религий присутствовал в президиуме только в начале и в конце Собора, и так получилось, что правой рукой всегда был владыка Алексий. 7 июня он выступил с докладом о миротворческой деятельности Русской Церкви.
8 июня на Поместном Соборе приняли разработанный архиепископом Кириллом новый устав. В нём было утверждено, что власть в Церкви принадлежит Поместному Собору, Архиерейскому Собору и Священному Синоду, а Патриарх обладает всей полнотой власти в межсоборное время. Таким образом, подчёркивалось постановление Патриарха Тихона, что «Российский Патриарх это не римский папа и даже не Патриарх в византийском смысле слова, а только председатель Синода».
В новом уставе наконец было уничтожено наследие хрущёвских времён — положение о приходах. Отныне приходы возвращались под каноническое управление епархиальных архиереев, а во главе каждого прихода становился священник-настоятель. Приходская община становилась субъектом договора с властями на бессрочное, безвозмездное пользование храмом и церковной утварью. Таким образом, приход определялся как каноническая единица епархии.
На вечернем заседании Собора 8 июня были приняты «Обращение к чадам, не имеющим канонического общения с Матерью-Церковью», «Обращение ко всем, держащимся старых обрядов и не имеющим молитвенного общения с Московским Патриархатом», «Послание боголюбивым пастырям, честному иночеству и всем верным чадам Русской Православной Церкви». В первом обращении звучало приглашение Русской Православной Церкви за границей к диалогу: «Такой диалог, милостью Божией, мог бы привести нас к столь желаемому восстановлению церковного общения, помог бы разрушить разъединяющие ныне нас преграды. Заверяем вас, что никоим образом мы не хотим ни стеснить вашу свободу, ни получить господство над наследием Божиим (1 Пётр. 5. 3), но всем сердцем стремимся к тому, чтобы прекратился соблазн разделения между единокровными и единоверными братьями и сёстрами, чтобы мы могли в единомыслии единым сердцем возблагодарить Бога у единой Трапезы Господней».
В другом обращении деятели Церкви взывали к старообрядцам: «Поместный Собор Русской Православной Церкви... с глубокой болью вспоминает возникшее в XVII веке разделение чад церковных... Мы молитвенно уповаем, что изменившиеся условия религиозной жизни в нашем Отечестве позволят всем нам вновь почувствовать наше духовное родство... Вы, наши единокровные и единоверные братья и сёстры, хотя и не находитесь в молитвенном общении с Московским Патриархатом, но разделяете с нами общие труды, направленные на благо нашего земного Отечества, на сохранение и упрочение мира между народами. Духовное сокровище “древлего благочестия” ныне открывается не только тем, кто исповедует спасительную веру Христову, но и тем, кто ценит в древних памятниках проявление нашей национальной культуры».
Заседания Поместного Собора продолжались до 9 июня. В итоговых определениях было объявлено, что Церковь отныне станет стремиться к распространению религиозного образования, веры и катехизации верующих, она перейдёт к открытой благотворительности и будет создавать фонды милосердия. Таким образом, в Советской стране Русское Православие впервые за семьдесят лет объявило о своём выходе из полуподпольного существования и переходе к полноценной активной деятельности.
К лету 1988 года Русская Церковь имела 6893 прихода, 67 внутренних и 9 зарубежных епархий, 74 епископа, 7 из которых несли служение за рубежом, 6674 священника и 723 диакона, 22 монастыря, в которых проживали 1190 насельников и насельниц. Торжества, проведённые Московской Патриархией, впечатлили и весь мир, и правителей страны. Если с января по июнь было открыто 60 храмов, то с июня по декабрь 1988 года власть возвратила Церкви около тысячи. Правда, здесь был один странный нюанс — наибольшее количество новых приходов появилось на Украине, а из этой тысячи только 176 были зарегистрированы на территории Российской Федерации. Чем руководствовались Горбачёв и его окружение?..
Поместный Собор стал важнейшим явлением в жизни Церкви, он окрылял, давал новые силы для дальнейшей борьбы за Русь Святую! Вернувшись в свою епархию, митрополит Алексий вновь взялся допекать власти «города трёх революций». И власти уже совсем иначе относились к деятелям Церкви.
На фоне стремительного распада экономики, науки, образования, армии и флота лишь Церковь выглядела возрождающейся. Сельский пейзаж до Горбачёва: коровники, свинарники, колосящиеся поля и — разорённые храмы. Сельский пейзаж после Горбачёва: восстановленные храмы и — разорённые коровники и свинарники, поля сорняков. Словно осуществлялся какой-то сатанинский замысел: хотите вновь иметь Церковь? Вы её получите, но всё остальное у вас отнимется.