Шла подготовка к Первому съезду народных депутатов СССР, объявленному высшей формой государственной власти, и 18 марта митрополит Алексий был избран одним из пяти депутатов от Фонда милосердия и здоровья, членом правления которого он состоял. Тогда же его избрали членом Комитета по международным премиям мира. Своё недолгое хождение в политику он потом будет вспоминать с неприязнью. Но тогда ему, как и многим другим, казалось, что наконец-то представилась возможность участвовать в управлении страной и что это участие принесёт пользу народам, её населяющим.
Накануне съезда в швейцарском Базеле митрополит Алексий и Миланский кардинал Карло Мария Мартини руководили Первой европейской экуменической ассамблеей, посвящённой теме «Мир и справедливость». Впервые католики согласились объединиться с православными и протестантами в миротворческой деятельности. Наиболее глубоким оказался доклад архиепископа Смоленского и Калининградского Кирилла «К экологии духа», в котором он призывал человечество вспомнить, что смысл жизни не в удовольствиях и не в достижении максимальных телесных удобств. Архиепископ с европейской трибуны смело критиковал Европу за то, что, погрязнув в борьбе за комфорт, она ведёт всех людей мира к экологической катастрофе, но, что ещё хуже, — к катастрофе экологии духа. И европейцы внимали, соглашались с этими обвинениями. В Москву митрополит Алексий вернулся с этой ассамблеи весьма довольный её итогами.
Съезд народных депутатов проходил в Большом Кремлёвском дворце, и две недели вся страна прилипала к экранам телевизоров, с надеждой всматриваясь в лица выступающих. Горбачёва уже ненавидели, и все ждали, что съезд его скинет, тем более что 31 мая Ельцин выступил с требованием призвать его к ответственности за то, что после четырёх лет перестройки жизнь в стране значительно ухудшилась. В своём выступлении он напористо обвинял лживого генсека, откровенно декларируя себя его непримиримым соперником. Но время «царя Бориса» ещё не наступило. Сейчас Борис Николаевич требовал, чтобы народные депутаты стали подлинной властью. Пройдёт четыре года, и он же уничтожит эту самую власть народных депутатов, разогнав последний чрезвычайный съезд.
После Ельцина выступал первый секретарь компартии Армении Сурен Арутюнян, призывая защитить армян от азербайджанцев. А затем ведущий собрание — будущий президент независимой Литвы Альгирдас Бразаускас объявил митрополита Алексия. Тот взошёл на трибуну степенной походкой и заговорил своим проникновенным голосом: