Назвать это выступление образцом красноречия язык не повернётся. Но важно было другое. Впервые крупный архиерей, второй по значению после Патриарха, выступал с трибуны всенародного собрания. И в роковые мгновения истории, когда страна стояла на пороге гражданской войны, пастырь взывал к милосердию, к терпеливому отношению друг к другу. Завёрнутое в обложку повиновения властям, начатое словами благодарности генсеку и законченное передачей ему документов ассамблеи выступление таило в себе и резкий выпад против Горбачёва: страна поставлена в кризисное положение, чего руководитель признать не хотел.
Митрополит Алексий сидел в середине партера и с грустью взирал на весь этот балаган, выделяясь среди других не только своим белоснежным клобуком, но всем обликом, словно депутат из иного мира, посол иного Государства.
Его душа в те дни отогревалась событием, случившимся в то время, когда проходил съезд. 3 июня после многочисленных ходатайств владыки Алексия власть наконец вернула Церкви чудотворные мощи святого благоверного князя Александра Невского. Прилетев на пару дней в город на Неве, митрополит лично принимал из запасников Музея истории религии и атеизма драгоценный деревянный ковчег. Многие ожидали увидеть внушительных размеров серебряную елизаветинскую гробницу, в которой мощи покоились до конфискации, но так сильно власть не расщедрилась, вернув реликвию в скромной деревянной раке небольших размеров. «3.VI. Крестный ход и литургия. Встреча мощей Ал. Невского с еп. Проклом и еп. Львом», — записал митрополит Алексий в тот день. Николай Васильевич Хазов был пострижен в монашество с наречением имени Прокл митрополитом Никодимом (Ротовым), у коего служил иподиаконом, а мощи Александра Невского он встречал, уже будучи епископом Тихвинским и викарием Ленинградской епархии. Тогдашний епископ Ташкентский и Среднеазиатский Лев (Церпицкий) тоже выходец из гнезда Никодима, некогда служил у него личным секретарём. Примечательно, что два «никодимовца» вместе с владыкой Алексием встречали мощи небесного покровителя Северной столицы, переносили их в Троицкий собор Александро-Невской лавры. Вскоре оба станут архиепископами, первый — Симбирским, второй — Новгородским.
Сбылось желаемое — святые мощи князя Александра Ярославича вернулись туда, где к ним можно было теперь приложиться, совершать при них богослужения, выносить их с крестными ходами. В тот день, 3 июня, митрополит Алексий вечером совершил всенощное бдение, а на другой день снова совершил литургию при драгоценных мощах.
И только после этого, счастливый, он отправился обратно в Москву на устроенное Горбачёвым сборище, о котором впоследствии вспоминал так: «Беда в том, что парламент тех лет превратился в место, где у людей совершенно отсутствовало уважительное отношение друг к другу. Там царствовал дух вечного противостояния, постоянной борьбы, нервозности... Люди не желали элементарно слушать друг друга, а тем более говорить, объясняться нормальным человеческим языком. Элементарные нормы достойного поведения там были напрочь забыты. Выступающих на трибуне то захлопывали, словно дикари в каком-нибудь каменном веке, то закрикивали, как случается порой в домах для не совсем здоровых людей... После каждого заседания съезда народных депутатов я становился просто больным — очень скверно влияла на меня та атмосфера нетерпимости и вражды».
С той поры он станет ярым противником того, чтобы священнослужители избирались в парламент. На съезде и после него он работал в комиссиях по пакту Молотова — Риббентропа и по закону о свободе совести. «С пактом, как известно, мы разобрались. А вот в комиссии по закону о свободе совести находились юристы, которые считали дискриминационное “Положение о религиозных организациях”, принятое аж в 1929 году, эталоном на все времена — вплоть до сегодняшних! Они не понимали — да просто отказывались понимать, почему нормы, выработанные в условиях репрессивно-тоталитарного режима, давно пора отправить на свалку истории, во всяком случае, самым критическим образом пересмотреть. Конечно, было непросто переубедить советских юристов. Однако я всё же старался объяснить коллегам свою точку зрения, что мне иногда удавалось...»