Флора заповедника включает 665 видов высших сосудистых растений, 215 видов мхов, 793 вида лишайников, 264 вида шляпочных грибов. В заповеднике обитает 52 вида млекопитающих,155 видов птиц,3 вида пресмыкающихся, 1 вид земноводных, 8 видов рыб, в т. ч. внесенные в Красную книгу РФ снежный барс, черный аист, скопа, балобан, сапсан, беркут, черный гриф. Особенностью Катунского заповедника следует считать и то, что его территория значительно удалена от ближайших населенных пунктов. Сопредельные с заповедником территории в настоящее время, несмотря на ведущуюся хозяйственную деятельность, слабо изменены деятельностью человека и существенно дополняют ландшафтное и видовое разнообразие заповедной территории. Катунский заповедник признан на международном уровне: в 1998 г. заповедник в составе единого территориального объекта «Алтай – Золотые горы» включен в список Всемирного природного наследия ЮНЕСКО, в 2000 г. заповеднику присвоен статус биосферного резервата ЮНЕСКО. В настоящее время деятельность заповедника много-планова. Она включает в себя и патрулирование и охрану заповедной территории, и проведение экологического мониторинга и научных исследований, и экологическое просвещение, и содействие устойчивому развитию Усть-Коксинского района. Поскольку до организации заповедника по его территории проходило несколько популярных туристических маршрутов, одним из направлений работы выбрано также развитие эколого-познавательного туризма. В связи с особым природоохранным режимом для посещения в заповеднике открыты следующие маршруты: по долинам рек Мульты и Поперечки к Верхнемультинскому и Поперечному озерам, по долинам рек Нижний Кураган и Казинихи к Тайменьему озеру, от Тайменьего озера через долину р. Тюргень к верховьям Катуни.
Туристические объекты заповедника и прилегающих территорий:
Гора Белуха
К подножию Белухи наиболее популярны маршруты по долинам рек Аккем и Кучерлы. Однако можно добраться до ее подножия и вдоль Катуни – сначала на водометном катере или моторной лодке, а потом на лошадях. Этот маршрут проходит по территории Катунского заповедника, и передвижение по нему очень ограничено. Поэтому здесь вы почувствуете себя полностью погруженным в дикую природу и практически не встретите других туристов.
тайменье озеро
Тайменье озеро – самый крупный водоем в бассейне верхней Катуни. Имеет статус памятника природы республиканского значения. Озеро расположено в западной среднегорной части Катунского хребта на высоте 1600 м в глубокой выпаханной древним ледником долине, заложенной по разлому земной коры. Благодаря этому озеро значительно вытянуто: его длина составляет 5420 м, а максимальная ширина – 1080 м.
Глубина озера превышает 70 м.
В озеро впадает несколько небольших рек, берущих начало в ледниковых областях Катунского хребта. Долина одной из них – р. Солоухи – знаменита каскадом водопадов.
Часть побережья озера находится в Катунском заповеднике. Здесь, на устье р. Хайрюзовки, расположен и кордон заповедника, где для туристов имеются гостевой домик, баня. Здесь же можно арендовать лодку для водных прогулок по озеру и посещения водопадов на р. Солоухе.
Самый простой способ добраться до Тайменьего озера – на моторной лодке или водометном катере до устья р. Озерной, да-лее – пешком или на лошадях вдоль Озерной (25 км). Также к озеру можно проехать на лошадях от с. Мараловодка или Верх-Уймон, но эта дорога займет 2–3 дня.
Один из наиболее впечатляющих маршрутов к Тайменьему озеру – от с. Катанда по долине р. Нижний Кураган и Казинихи через Казинихинский перевал. Этот маршрут занимает 5–6 дней, возможно использование лошадей. Маршрут проходит по абсолютно диким местам; по дороге вы сможете наблюдать диких животных – медведя, косу-лю, марала, а панорамный вид с Казинихин-ского перевала на высокогорья Катунского хребта не оставит равнодушным никого.
Мультинские озера
Долина р. Мульты знаменита каскадом живописных горных озер – Нижнего, Среднего и Верхнего Мультинских, являющихся памятником природы республиканского значения. В окрестностях Мультинских озер распространены хвойные леса из лиственницы и кедра, субальпийские и альпийские луга, а также горные тундры.