В некоторых случаях суды мотивируют свое отрицательное решение тем, что призывник якобы "не сумел должным образом доказать" свои убеждения, препятствующие ему проходить военную службу. Суды отказываются удовлетворять жалобы призывников, мотивируя это либо отсутствием закона, либо тем, что призывник не смог доказать наличие убеждений, которым противоречила бы служба в армии.
Согласно ст. 28 Федерального Закона "О воинской обязанности и военной службе" в редакции, принятой Госдумой 6 марта 1998 года в случае обжалования решения призывной комиссии в суд, его выполнение приостанавливается до момента вступления судебного решения в законную силу. В некоторых случаях, однако военные комиссариаты действуют неправовыми, противозаконными методами: при помощи милиции они угрозами и силой доставляют в казармы призывников, ждущих судебного решения по своей жалобе. Почти в каждом случае призывник, отказывающийся от службы в армии по убеждениям, проходит через сильный психологический пресс, специально организуемый военкоматами.
С 1995 года военные комиссариаты действуют на основании директивы № 315/6/175Ш от 28.08.95г. Министерства обороны, предписывающей военкоматам рассматривать подаваемые заявления об отказе по убеждениям и направлять таких призывников в части, служба в которых "не связана с ношением и использованием оружия", о чем выдавать призывникам соответствующую письменную гарантию. С юридической точки зрения эта директива, впрочем, не является решением проблемы отказников по убеждениям, поскольку воинская служба в какой бы то ни было части предполагает обязательное принятие воинской присяги, исполнение приказов командиров и прохождение "курса молодого бойца" по обучению владению оружием. На практике, призывники, согласившиеся проходить службу в таких частях, попадают в так называемые "строительные батальоны", где оказываются в еще более худших условиях, подвергаясь пыткам и жестокому обращению. Возможен вариант, когда призывная комиссия предлагает отказникам компромисс, который заключается в обещании того, что из "альтернативщиков" будет сформирована специальная отдельная часть, с созданием необходимых условий для прохождения военной службы верующими и другими "убежденцами". Однако ни юридически, ни фактически создание таких формирований невозможно, так что подобные предложения следует рассматривать лишь как очередную уловку военкомата.
Однако даже в отсутствие закона сотни молодых людей отказываются служить в армии по убеждениям совести. Они избирают нелегкий путь, поскольку гораздо проще купить липовую медицинскую справку о состоянии здоровья и "закосить" от армии, как это делает ежегодно около 20 % от общего числа призывников. Некоторые отказники добиваются решения в свою пользу, некоторые подвергаются уголовному преследованию и тюремному заключению. Все они не только пытаются поступать так, как им велит совесть, но и способствуют более скорому принятию закона "Об альтернативной гражданской службе". Принятие этого закона ознаменует собой окончательный переход от "общества полностью готового к войне" к обществу переходного типа.
15 апреля 1997 года правозащитная организация "Международная Амнистия" провела круглый стол по теме "Право на отказ от несения военной службы по соображениям совести; пытки и жестокое обращение в армии; тюремное заключение и принудительный призыв в армию отказников по соображениям совести". Организаторами круглого стола являлись Московская Хельсинкская Группа, Правозащитный центр "Мемориал", организация "Солдатские матери Санкт-Петербурга", Комитет солдатских матерей России, Движение против насилия, Антимилитаристская Радикальная Ассоциация и Центр Андрея Сахарова. Встреча состоялась в Центре Андрея Сахарова в Москве.