Техническое обслуживание и эксплуатация всех станций «SIGSALY» (независимо от места их расположения) были возложены на войска связи Армии США. В состав обслуживающего персонала станций набирались, как правило, военнослужащие, имевшие специальное техническое образование и опыт работы в телефонных компаниях до военной службы. Для их подготовки при компании «Bell Telephone Laboratories» были созданы специальные курсы, где военнослужащие изучали устройство станции, организацию и порядок её эксплуатации и ремонта.
Первый выпуск курсов состоял из шести офицеров и произошёл 5 января 1943 года. Всего учёбу на курсах прошли 186 военнослужащих в составе 10 групп. Длительность учебы составляла от 28 до 44 рабочих дней. Первые выпускники курсов составили основу созданной 10 февраля 1943 года 805-й роты связи — специального подразделения для обслуживания станций засекреченной радиотелефонной связи «SIGSALY». Командир роты майор Э. Эптид до службы в армии работал в одной из американских телефонных компаний, а подчинённая ему рота насчитывала 81 офицера и 275 военнослужащих.
Техническое обслуживание и эксплуатация станций «SIGSALY» осуществлялись отдельными подразделениями из 4–5 офицеров и 6–8 военнослужащих. Благодаря хорошей подготовке персонала станции, в основном, работали исправно. Вместе с тем, в течение длительного времени не удавалось обеспечить ведение переговоров Премьер-министра Великобритании У. Черчилля с телефонного аппарата, установленного в специальной комнате подземного бункера правительственного здания в Лондоне.
По этой причине он и другие высокопоставленные лица с лета 1943 до весны 1944 года были вынуждены продлить использование системы радиотелефонной связи «А-3». В связи с её слабой криптостойкостью в указанный период немецкая разведка продолжала дешифровывать телефонные переговоры и получать важные сведения военного характера, включая информацию о деятельности войск и маршрутах движения конвойных кораблей и судов торгового флота союзников.
В начале 1944 года немецкому посту радиоперехвата, расположенному в Нидерландах, удалось перехватить телефонный разговор между Ф.Рузвельтом и У. Черчиллем, длившийся около пяти минут. В результате его дешифровки немецкой разведке стали известны важные сведения о запланированной высадке англо-американского десанта в Европе.
После того, как неисправности в работе станции «SIGSALY» в Лондоне были устранены, секретные переговоры по системе связи «А-3» были прекращены, в результате чего руководство Почтового ведомства фашистской Германии, которому были подчинены посты радиоперехвата, пришло к выводу, что между США и Великобританией установлен новый канал засекреченной телефонной связи.
Невзирая на широкие возможности, которые предоставлялись системой «SIGSALY», отдельные военные и политические руководители США относились к ней достаточно скептически. Так, командующий союзными войсками в юго-западной части Тихого океана генерал Д. Макартур сомневался в надёжности засекречивания телефонных переговоров и считал лучшим использовать буквопечатающую аппаратуру радиосвязи «SIGTOT» с предварительным шифрованием информации.
Генерал Д. Эйзенхауер, верховный главнокомандующий экспедиционными силами союзников в Западной Европе, прибегал к использованию системы «SIGSALY» также очень неохотно, не полагаясь на её надёжность. Кроме того, генерал часто испытывал трудности в понимании отдельных слов, которые произносили его собеседники на другой стороне радиолинии.
В работе системы случались сбои, не всегда удавалось достаточно быстро установить связь между станциями, в отдельных случаях речь сопровождалась сильными помехами, затруднявшими её понимание. Однако, несмотря на эти недостатки, правительственная система засекреченной радиотелефонной связи «SIGSALY» получила признание среди значительного числа генералов и правительственных чиновников США и Великобритании.
Благодаря ей большое количество разнообразных сведений военного и политического характера своевременно доходило до заинтересованных лиц и вместе с тем сохранялась в тайне от противника. В числе этих сведений была, в частности, информация о доставке двух атомных бомб на расположенный в Тихом океане остров Тиниан, откуда в августе 1945 года был сделан вылет американских самолетов для бомбардировки японских городов Хиросима и Нагасаки.
Наиболее напряжённо эксплуатировалась станция «SIGSALY» в Лондоне. Только за первый год эксплуатации с её помощью было проведено 448 сеансов конференцсвязи, в процессе которых, как правило, обсуждались вопросы, связанные с подготовкой союзных войск к ведению боевых действий в Европе.