Более или менее достоверная картина происходившего в те дни в Новочеркасске раскрылась лишь в конце 1980-х годов, когда по решению I съезда народных депутатов СССР военная прокуратура провела подробное расследование. Конечно, и эти результаты не до конца объективны. Военные пытались обелить себя, свалить вину за кровопролитие на КГБ, но факты были собраны исчерпывающие.
Материалы дела свидетельствуют о следующем. Партийное начальство во главе с первым секретарем Ростовского обкома Басовым приехало в Новочеркасск только во второй половине дня 1 июня, когда митинг уже набрал силу. Это тот самый Басов, который в 1961 году произвел слабое впечатление на отца. Он его тогда охарактеризовал «фразером», собрался заменить, но не успел. Басов вышел на балкон заводоуправления. Толпа притихла. Люди ждали, что он заговорит о наболевшем, о тарифах, о заводских проблемах. Басов же, не найдя нужных слов, стал зачитывать опубликованное в газетах «Обращение ЦК КПСС и Совета Министров СССР о повышении цен». Толпа враждебно загудела, кто-то бросил в Басова бутылкой. Обкомовцы ретировались в здание и приказали милиции очистить площадь. Но милиции, даже при поддержке вызванных к тому времени внутренних войск, выполнить приказ не удалось. Более того, балконом завладели забастовщики, сорвали висевший на фасаде дома портрет Хрущева, виновника, по их мнению, всех несчастий в стране, и под одобрительные выкрики толпы сбросили его вниз. Кто-то снизу выкрикнул: «Долой правительство Хрущева! На мясо его! Давай сюда Маленкова и Шепилова!» Уже потому «хороших», что их изгнал ставший «плохим» Хрущев, что типично для стихийного протеста.
Затем забастовщики попытались выступать сами, воспользовались оставшимся от Басова мегафоном. Но он не действовал. Находившиеся на балконе люди, рассерженные неудачей, выбили ближайшие окна, залезли внутрь, чуть пограбили, но вглубь здания не пошли, пыл их быстро охладел. Митинг тем временем переместился к соседнему переходу над железной дорогой, теперь его, а не балкон заводоуправления, использовали как трибуну. Кто-то забирался наверх, что-то кричал, галдящая сама по себе толпа его не слушала и не слышала.
Все еще остававшийся в помещении заводоуправления Басов обратился за помощью к армии. Министр обороны маршал Малиновский телефонограммой, ссылаясь на распоряжение Хрущева, приказал командующему округом генералу армии Иссе Плиеву поднять по тревоге воинские подразделения и сосредоточить их в районе Новочеркасска. Однако Плиева в штабе не оказалось, он уехал в войска и вообще еще ничего не знал о происходящем. Его разыскивали, но не разыскали, пока он не вернулся в свой кабинет в Ростове, а Басов все сидел, забаррикадировавшись в заводоуправлении. Митингующие, не зная, что дальше предпринять, столпились на железнодорожных путях. Только в четыре часа дня начальник штаба округа доложил Плиеву о поступившей команде. Генерал решил не спешить, сначала самому разобраться в обстановке и, не отдав никаких распоряжений, уехал в Новочеркасск.
Тем временем в Ростов приехали «москвичи»: член Президиума ЦК, заместитель отца по Бюро ЦК по РСФСР Андрей Павлович Кириленко и секретарь ЦК Александр Николаевич Шелепин в сопровождении двух заместителей председателя КГБ Ивашутина и Захарова.
Как позже свидетельствовал перед работниками прокуратуры Шелепин, Хрущев, напутствуя его и Кириленко, приказал действовать только мирными средствами.
Когда в 5 часов вечера генерал Плиев прибыл на место, он получил от Кириленко, взявшего в свои руки власть, распоряжение вызволить Басова, заблокированного в здании заводоуправления. Инструктируя подчиненных, Плиев особо подчеркнул: «Во время операции силу и оружие не применять». Более того, солдатам вообще не выдали патронов к автоматам. Разведывательнодесантная рота 18-й дивизии черным ходом вывела областное начальство из здания заводоуправления и доставила к Кириленко. Надо сказать, что военные входили в здание открыто, хотя толпа и была настроена нервозно. Люди перевернули два грузовика, хватали офицеров за рукава, спрашивали: «Вы за кого?» Но вслед за военными в здание бастующие не пошли.
К этому времени к площади подошли вызванные Кириленко танки. Митинговавшие встретили их куда более враждебно, чем десантников, в гусеницу головной машины пытались засунуть металлические прутья, разбили фары и перископ, а в довершение всего накрыли танк брезентом. Заметив танки, заместитель Плиева генерал Шапошников приказал немедленно их с площади убрать. Он не знал, что они здесь по распоряжению Кириленко.