Вскоре, уже к началу лета, кресло под Ракоши зашаталось. В руководстве ВПТ большинство выступало за возвращение Надя. 7 июня, чтобы поддержать Ракоши, в Будапешт вылетел Михаил Суслови. В своих отчётах он утверждал, что ситуация находится под контролем, а пробыв в Венгрии неделю, отбыл отдыхать в Крым. Возможно, ему не хватило опыта, чтобы разобраться в ситуации. Также вероятно, что венгерские политики быстро разглядели в Суслове такого же сталиниста, каким был Ракоши, и не были с ним откровенны. Так или иначе, менее чем через месяц, 12 июля, посол Юрий Андропов отбил в Москву очередную тревожную телеграмму: политический кризис не только не был преодолён, но и стремительно расширялся. В тот же день спасать положение полетел Микоян.
Ему хватило нескольких часов, чтобы убедиться в необходимости принятия решительных мер. Рекомендация Президиума ЦК гласила: ещё раз твёрдо довести до венгерских товарищей, что за спиной Ракоши стоит Кремль. Микоян поступил ровно наоборот: он посоветовал Ракоши уйти в отставку с поста 1-го секретаря ЦК. Тот уходить не хотел, но после двухчасовой беседы с Микояном, с глазу на глаз, подписал заявление о добровольном уходе. Через два месяца, уже после подавления восстания, Ракоши навсегда покинул Венгрию и жил в СССР вплоть до своей смерти в 1971 году.
Отставку «венгерского Сталина» народ принял с восторгом, но позже радость сменилась разочарованием. Все ожидали возвращения популярного Имре Надя, но место руководителя партии занял Эрнё Герё, настроенный отчётливо просоветски. Микоян предлагал кандидатуру Яноша Кадара, но тот отказался.
Тем временем югославские газеты и радиостанции, по инициативе Тито, выдали критические материалы, утверждая, что венгров обманули: Москва поменяла шило на мыло, одну советскую марионетку заменили на другую. Чтобы исправить положение, Микоян из Будапешта направился в Белград, 21 июля встретился с Тито и попросил его утихомирить прессу. На какое-то время, действительно, тон публикаций стал более сдержанным, но потом Тито вернулся на прежние позиции: последовательно поддерживал Имре Надя.
В начале октября в Будапеште провели церемонию перезахоронения праха бывшего министра иностранных дел Ласло Райка, повешенного в 1949 году. Церемония вылилась в огромную манифестацию (более 100 тысяч человек), а затем и уличные беспорядки с активным участием молодёжи. Люди требовали возвращения Имре Надя на пост премьер-министра, вывода советских войск и возвращения полноценной многопартийной системы. С этого момента беспорядки не прекращались, более того, активно подогревались с территории ближайших соседей, Югославии и Австрии. Однако в Кремле рассчитывали, что венгерская госбезопасность и армия справятся самостоятельно; Хрущёва гораздо сильнее беспокоила Польша. Туда он и отправился 19 октября. Не исключено, что Хрущёва вводил в заблуждение Суслов, не желавший, чтобы на него легла ответственность за проваленный июньский визит в Будапешт.
Двадцать третьего октября венгерская милиция открыла огонь по демонстрантам. Те оказали сопротивление. Контроль над ситуацией был утрачен. Люди врывались в конторы КГБ и громили их, оружие захватывали. Сотрудников венгерской госбезопасности вылавливали и линчевали. Многих привязывали в деревьям и фонарным столбам вниз головой и оставляли в таком виде умирать.
Ситуацию срочно обсудили в Москве на Президиуме ЦК и постановили решать проблему силовым способом. Решающим аргументом стало соседство Венгрии с капиталистической Австрией.
Уже на следующий день, 24 октября, в Будапешт прилетели Микоян, Суслов и Серов. В тот же день в город вошли танки из расположенных поблизости советских гарнизонов. Началась городская герилья, венгры закидывали танки «коктейлями Молотова». Танкистов, покинувших машины, расстреливали из окон. Советские военнослужащие получили приказ «огонь не открывать», но экипажи машин его проигнорировали, применив приём, известный ещё с войны: если один танк начинал гореть, то второй, находящийся поблизости, производил выстрел в его сторону, чтобы волна пороховых газов сбила пламя.
Есть сведения, что по пути с аэродрома в Будапешт машина с Микояном и Сусловым попала в засаду, была обстреляна и пришла в негодность, и остаток пути члены Президиума ЦК КПСС шли пешком. По другим сведениям, их везли то ли на бронетранспортёре, то ли на танке. В любом случае они всё увидели своими глазами, пока не добрались до здания Министерства обороны Венгрии, превращённом в полевой штаб войск СССР.
На следующий день состоялось экстренное заседание Политбюро ВПТ. Протестующим кинули кость: Герё был смещён с поста 1-го секретаря ЦК ВПТ, на его место назначен Янош Кадар, умеренный антисталинист, также сидевший в тюрьме в период диктатуры Ракоши. Но это никого не успокоило. Микоян понял, что нужно договариваться с Имре Надем. Тот как раз 25 ноября выступил по радио с уверенной речью и заявил, что намерен требовать вывода советских войск.