Иван Мазепа-Колединский происходил из православной шляхты Белоцерковщины. Его отец Степан был белоцерковским атаманом и собственником села Мазепинцы, принадлежал к партии Выговского и участвовал в составлении Гадячских статей. Его мать Марина-Магдалина, из старого шляхетского рода Мокиевских, была выдающейся женщиной, занималась общественными и церковными делами, с 1686 года — игуменья Киево-Печерского Вознесенского монастыря и до своей смерти в 1707 году советник сына-гетмана. Утонченный и хорошо образованный Иван Степанович вкладывал большие средства в развитие украинской культуры, построил по всей Гетманщине целое ожерелье красивейших церквей в стиле, получившем название мазепинского «казачьего барокко», очевидно, под влиянием своей матери. Он основал много учебных заведений и типографий, чтобы «украинская молодежь могла в полную меру своих возможностей пользоваться благами образования».
В Киево-Могилянской академии, благодаря Мазепе, учились более 2000 студентов.
Будущий гетман родился около 1630 года— точная дата рождения неизвестна. Нет точных сведений о его образовании. Говорится о том, что Иван Степанович учился в Киево-Могилянской академии, а потом в Иезуитской коллегии в Варшаве, с 1649 года служил королю Польши, при дворе которого проникся аристократическим духом и хорошо изучил придворные интриги. Король посылал его за границу для изучения артиллерийского дела, во Францию, Германию, Италию. Как офицер по особым поручениям, Мазепа в 1659 году ездил к Выговскому, в 1660 году к Юрию Хмельницкому, в 1663 году к Тетере. Как и его отец, Мазепа был сторонником Гадячских статей. В 1663 году, после похода короля Яна Казимира на Украину, Мазепа оставил королевскую службу и вел жизнь белоцерковского помещика. В 1669 году Иван Мазепа поступил на службу к гетману Петру Дорошенко, сначала как сотник гетманской гвардии, позднее генеральный есаул и генеральный писарь. В 1673 году Мазепа выполнял дипломатическую миссию в Крымском ханстве, у левобережного гетмана Самойловича. В 1674 году Мазепа ездил в Крым, Турцию, был взят в плен запорожцами и чуть не убит. Его спас кошевой Иван Сирко и передал Самойловичу. В тот период от Дорошенко к Самойловичу переходили выдающиеся деятели правобережной администрации, разочаровавшиеся в протурецкой политике Дорошенко — Лизогуб, Ханенко, Гамалий, Кандыба, Скоропадский, Кочубей.
Своим дипломатическим опытом и аристократическими манерами Мазепа убедил Самойловича сделать его доверенным лицом и из «гетманского дворянина» к 1682 году стал генеральным есаулом и исполнителем важнейших гетманских миссий. Иван Мазепа стал свояком Самойловича, почти ежегодно ездил в Москву с важными поручениями, имел влияние на гетмана. В Москве Мазепа познакомился с Василием Голицыным, фаворитом царевны Софьи Алексеевны и фактическим правителем Московского царства.
В падении Самойловича в 1687 году Мазепа, возможно, не играл большой роли, хотя историки говорят о наличии его подписи под старшинским доносом в Москву на гетмана, послужившим поводом для ареста. Все же он не принадлежал к этой части старшины, однако сумел воспользоваться ситуацией. Образование, иезуитская школа, дипломатический талант, харизма и обаяние, привлекавшие к нему людей, взятка «культурнейшему политику XVII столетия В. Голицыну» помогли пятидесятилетнему Мазепе.
25 июля 1687 года под Коломаком собралась Генеральная Войсковая Рада, выбравшая гетманом генерального писаря Ивана Мазепу. Рада утвердила новые Коломацкие статьи, в основу которых легли Глуховские статьи 1672 года:
1. Подтверждены прежние права и вольности, дарованные гетману Богдану Хмельницкому.
2. Воеводам находиться: в Киеве, Чернигове, Переяславле, Нежине, Острее, но в права, вольности казацкие и в суды их не вступаться.
3. Реестровым казакам быть тридцати тысячам человек.
4. Ничего не брать в войсковой скарб с маетностей генеральных старшин и особ знатных и заслуженных.
5. Запрещено гетману отнимать у подчиненных жалованные государственные грамоты.
6. Не иметь ему сношений ни с какими посторонними монархами.
7. Содержать крепко вечный мир и союз, заключенный с королем польским, не подавая никаких причин к нарушению оного.
8. Против крымцев, турок и мятежных заднепровских казаков чинить военные промыслы, в которых будут участвовать и российские войска.
9. Как старшинам и войску гетмана, так и гетману старшин, без указа государей, кроме измены, не переменять.
10. При гетмане, для охранения его, быть в Батурине Московскому стрелецкому полку.
11. Гетман и старшины обязаны стараться о соединении малороссийского народа с великороссийским посредством супружества и другими способами, для чего дозволено малороссийским жителям иметь вольный переход в города великороссийские.
12. Для удержания крымцев от набегов гетман и старшины должны сделать шанец на сей стороне Днепра против Кодака, а у реки Самары и Орели и при устьях речек Берестовой и Орчика построить городки и населить их украинскими жителями.