В Раде участвовало 2000 казаков. Всем старшинам, принимавшим участие в заговоре против Самойловича, на Раде были повышены чины, для «охраны» Мазепы в Батурин был введен Московский полк, сам Мазепа не мог производить кадровых изменений в руководстве войском без согласия Москвы. К Глуховским статьям было доставлено много приложений в пользу Москвы. Коломацкие статьи впервые возражали против государственного характера гетманской власти, а вместе с этим и против государственности Украины.
Но новый договор не был реализован. Украинский историк А. Оглоблин писал: «Коломацкое соглашение было очевидным успехом Москвы в ее историческом наступлении на Украину, и только государственный гений и глубокий патриотизм нового гетмана Мазепы сделали так, что цепочка вредных для Украины статей Коломацкого договора осталась нереализованной».
21 год управлял Украиной гетман Иван Мазепа в ситуации, о которой так писал М. Грушевский: «Считали невозможным бороться с силами Москвы, имея против себя население, враждебно настроенное против старшины по мотивам социальным и подозрительно относившееся к самым чистым побуждениям ее, и такое же враждебное и подозрительное Запорожье; легче было плыть на московском буксире и пользоваться милостями московских правителей для собственного благополучия. Ограничивая политические свободы Украины, добиваясь все новых и новых уступок от старшины в политических вопросах, московское правительство предупредительно шло навстречу ее желаниям и просьбам, касавшимся поместий и имений, и в эту сторону направляли интересы старшины. Создать на Украине владельческий, помещичий класс, закрепостить ее крестьянское население — это значило приблизить Украину к такому же помещичьему, рабовладельческому строю Московского государства. Вместе с тем это усиливало вражду между украинским народом и политическими руководителями украинской жизни и все более углубляло разделявшую их пропасть».
Весной 1689 года стотысячное московское войско под командой князя В. Голицына двинулось на Крым.
У Коломака к Голицыну присоединились полки Мазепы. Войско вновь дошло до Перекопа и, постояв у перешейка, вернулось домой. Некоторые современники писали о том, что будто бы крымские татары подкупили Голицына, который попытался представить свой поход победой над татарами. В Москву приехал и Иван Мазепа со свитой из 300 человек. Именно тогда к власти в Москве пришел Петр I, сваливший Софью и Голицына. После короткого разговора с Петром Ивану Мазепе вернули из конфискованного имущества Голицына деньги, которые гетман заплатил ему за свое избрание, дали пожалования на поместья для старшины. У Петра I и Ивана Мазепы сложилась как бы «дружба», современники писали, что «царь скорее не поверит ангелу, чем Мазепе». Гетман Мазепа вернулся домой с триумфом, с благосклонностью и доверием Петра I.
Мазепа опирался только на старшину, увеличивая народное недовольство. Рядовые казаки и посполитые были раздражены действиями гетмана, не понимали его, время от времени восставали. Во главе оппозиции стояли запорожские казаки и фастовский полковник Семен Палий. Казаки Мазепы и полк Палия участвовали в походах на Очаков и Гади-Керман в 1690 и 1692 годах, на Аккерман в 1691 году.
В 1691 году старший канцелярист Генеральной Войсковой канцелярии Петр Иваненко-Петрик, родственник генерального писаря Василия Кочубея, ушел на Запорожскую Сечь, был выбран войсковым писарем и стал вести агитацию против гетмана, старшины и Москвы. Петрик говорил запорожцам: «Я стою за посполитый народ, за бедных и простых. Богдан Хмельницкий освободил украинский народ из ляшской неволи, а я хочу освободить его из новой неволи — от москалей и своих панов. Я, пан кошевой, ставлю свою голову — прикажите меня на части рассечь, если вся Украина, начиная с самой Полтавы, не поклонится тебе!» Слухи о походе пошли по Украине, посполитые говорили — «когда придет Петрик с Запорожским войском, пристанем к нему, побьем старшину, арендарей и сделаем по-старому, чтобы все были казаками, панов не было». Но запорожцы не поддержали Петрика, не пошли на Мазепу. Петрик отправился в Крым с немногими единомышленниками и 26 мая 1692 года подписал с крымским ханом договор между Крымским ханством и «Удельным Княжеством Киевским, Черниговским и всего войска Запорожского, Городового и Народу Украинского». На основании этого договора между Петриком и Крымом заключался «вечный мир» для взаимных действий против Москвы и Польши.