Хотя войны, последовавшие за вмешательством Москвы в малорусские дела и внутренние смуты на самой Украине, не прекращались, как не прекращались нашествия татар и турок и борьба с Польшей, тем не менее в это время малорусский народ, избавившись от тяжкого ига панов, быстро оправился от перенесенного разорения. Вскоре по договору с Польшей Левобережная Украина, в которую народ не переставал бежать на «вольные земли» с правой стороны Днепра, вошла в состав Московского государства, в то время как Правобережная явилась предметом раздора между Польшей, Турцией и собственными гетманами. Эти смуты и явились причиной того, что земля пустела. Энергичный гетман той стороны Петр Дорошенко сделал было попытку отдаться под покровительство Турции, но так как Турция не могла дать прочной защиты стране и, кроме того, подданство басурманской державе претило духу народа, то попытка эта окончилась неудачей, и Правобережная Украина в конце концов вновь очутилась во владении Польши. С этого времени судьба обеих половин, правобережной, или собственно Украины, и Левобережной, или Гетманщины, также называемой Слободской Украиной, по имени слобод, основанных там переселившимися с правой стороны казацкими полками, надолго разделилась».
На обоих берегах Днепра были свои гетманы.
На Правобережье велась постоянная борьба за власть. В результате турецкие нашествия разорили его и превратили в пустыню. Сейм вынес в 1699 году, после заключения мира с Турцией, решение об уничтожении казачества и с трудом подавил восстания Палия и Искры. Борьба украинцев Правобережья с поляками продолжалась до раздела Польши и присоединения к России.
На Левобережье постепенно пришли московские порядки. Столица из Глухова была перенесена в Батурин — там выбирали казаки гетманов Левобережья.
В 1687 году гетманом был избран Иван Мазепа, перед Полтавской битвой перешедший на сторону шведского короля Карла XII, воевавшего с Петром. Карл XII был разбит, и вместе с ним Мазепа бежал в Турцию. Батурин был стерт с лица земли, Запорожская Сечь, бывшая на стороне Мазепы, уничтожена, к 1725 году ликвидировано и гетманство — Украиной управляла Малороссийская коллегия. После смерти Петра I гетманство восстановили, но ненадолго. В 1750 году последним украинским гетманом стал К. Разумовский.
Казацкое войско на Слободской Украине было уничтожено при Екатерине II, сама территория в 1765 году была переименована в Слободскую Украинскую губернию. Новая Сечь, созданная в 1734 году, также была ликвидирована в 1775 году. Запорожцы ушли в Турцию и создали там Задунайскую Сечь.
В 1764 году указом Екатерины II было уничтожено гетманство. Малороссийская коллегия «из 4-х великороссийских и 4-х малороссийских персон» и прокурора стала управлять Украиной. За 14 лет до этого ликвидировали таможенную границу между Россией и Украиной. Автономия Украины в составе Российской империи была бы ликвидирована — но помешала Русско-турецкая война 1768—1774 годов. Из вернувшихся из Турции и своих казаков было образовано Черноморское казачье войско, которые по окончании очередной Русско-турецкой войны (1787—1791) переселились на Тамань. Автономия Украины была уничтожена. Она вошла в состав России. В 1783 году на Украине была введена подушная подать, запрещен переход от одного помещика к другому. Из бывшего казачьего войска были созданы регулярные казачьи полки.
«Конец вольной Сечи знаменовал собой и конец украинской самостоятельности, — писал Н. Березин. — Последующая история Малороссии, как Гетманщины, так и Украины, оставшейся во владении Польши, печальна и мрачна. Пока существовала Польша, малорусский народ не переставал делать попытки сбросить с себя рабское иго, наложенное на него панами, которое становилось все тяжелее.
Особенной свирепостью отличалось крестьянское восстание, известное под именем Колиивщины и поднятое Железняком и сотником Гонтой. Но это были последние вспышки догоравшего огня — стремления к воле и земле.