После гибели Вишневецкого в 1563 году казацкая организация не распалась, казаки основали на днепровских островах Кош — Сечь. В 1580-х годах уже используется термин «сечевые казаки». Казачество считало себя самостоятельной военно-политической силой и вело независимую от Польши политику, заключало договоры с Москвой, Крымом, Турцией, Молдавией.
Постоянные походы казаков в Крым вызывали жалобы и угрозы татар и турок, и в 1572 году Сигизмунд-Август поручил создать «реестр» из 300 казаков, которые должны были получать плату за охрану приграничных замков и подчинялись бы только коронному гетману. Естественно, это число было малым, и остальные казаки, которых называли «низовыми», продолжали жить на Запорожье. В 1582 году Стефан Баторий увеличил реестр казаков до 500, а позднее до 1000. Их центром-станицей был назначен город Терехтемиров, где устроили госпиталь для старых и больных казаков.
Низовые казаки создали в XVI веке на Запорожье военную организацию, которая с небольшими изменениями просуществовала до XVIII столетия. Тут были люди всех сословий, разных наций, но все были равными и участвовали в Раде, которая решала важнейшие вопросы, выбирала старшину — гетмана, есаулов, судей, обозного, писаря.
В XVI—XVII веках казацкая масса жила в военном лагере, имела 38 куреней, во главе которых стояли атаманы; хозяйство было общим, войско было обеспечено едой и оружием. Однако уже в XVI столетии началась дифференциация: появились богатые казаки, которые владели лодками, орудиями производства, а беднота не имела иногда и собственной сорочки. Главным доходом казаков, позволявшим им существовать, была военная добыча, взятая во время нападения на татар.
Запорожцы имели свой собственный флот, чайки, большие лодки на 50—70 человек, с пушками, на которых они уплывали в море. В XVI столетии запорожцы, переняв у татар их военную тактику, отправлялись в походы верхом, но бились в пешем строю и стали для них очень опасным врагом.
На Сечь не допускали женщин и детей. Семейные казаки звались «городовыми», они имели свои хозяйства и жили на Брацлавщине, Барщине, Киевщине.
В связи с успешными походами казаки стали серьезным участником восточно-европейской политики, особенно в борьбе против Турции.
Походы казаков приносили им славу в Европе.
После восстания Северина Наливайко ярость поляков не знала пределов. Варшавский сейм 1597 года провозгласил всех казаков «врагами государства» и призвал уничтожить их.
Казаки не складывали оружия.
Они были промежуточным слоем между шляхтой и крестьянами. Как шляхта, казаки были обязаны служить, были свободны от панщины. Казаков отделяла от селян свобода, а от шляхты то, что они не имели крепостных.
Казаки завоевали славу выдающихся воинов. Отряды казаков участвовали в Тридцатилетней войне. Когда в Московском царстве началось «Смутное время», украинские казаки принимали массовое участие в военных действиях — в войске Лжедмитрия в 1604 году, в войске самого короля Сигизмунда. В 1618 году они спасли королевича Владислава от плена. Блестящие победы на Черном море казацкого флота — в 1606 году завоевание Варны, в 1614 году завоевание Синопа и Трапезунда, в 1615 году разрушение предместий Константинополя, в 1616 году взятие Кафы — обеспечили казакам военную славу.
С начала XVII века казаки живут под выборной старшиной, игнорируя польскую власть: «Ни магистратов в городах, ни старост, ни гетманов не слушают, сами себе права устанавливают, властей не признают, в государстве другое государство заводят», — писал в инструкции для сеймиков о положении на Украине король.
Казачество как авторитарная сила активно участвовало в истории Украины.
Большая история Украины(Львов, 1935 г.):
Казачество в XVI—XVII веках взяло на себя миссию борьбы за религиозные, национальные и государственные идеалы Украины.
«Казачество, это не только самое блестящее, самое эффективное явление украинской истории; оно составляет еще и эпоху наибольшего напряжения сил украинского народа и его государственного, социального и культурного творчества. В казачество украинский народ выделил из себя самый лучший, самый активный элемент, создал своеобразную аристократию, если принять, что греческое слово «аристос» значит — «наилучший»», — писал украинский историк Д. Дорошенко.
Воспевало казачество украинская народная песня, величала украинская романтическая поэзия, разъясняла его вес в истории украинская и зарубежная историография.
Зародилось и укрепилось казачество в особых условиях нашего государственно-политических лихолетья, на опустошенных татарами «диких полях», в непосредственном соседстве и в беспрерывной борьбе с крымскими налетами. Казачество встает как стихия, хаос, без большой цели и глубокой политической программы. Но объединившись обществом, призвав на помощь своей вооруженной руке и отчаянному рыцарскому сердцу разум нации, казачество очень скоро изменило свою роль охранителя степных окраин на роль строителя творца возрожденной украинской государственности.