Постепенно атмосфера накалялась: тон выступлений становился угрожающим, слова — резкими и оскорбительными. Желая хоть как-то разрядить обстановку и тем самым не допустить явного раскола, полковник Гоффе предложил сделать перерыв на молитву, чтобы каждый из присутствующих мог в глубокомысленном молчании обратиться к богу в поисках “озарения свыше”. Весь последующий день прошел в молении и посте, однако единство мнений так и не было достигнуто — армия “новой модели”, эта единственная надежда на справедливое решение жизненно важных проблем государственного устройства Англии, пала жертвой политического раскола. Во время военного парада близ местечка Уэр, проведенного по предложению Рейнсборо (опять-таки в целях сплочения армии), неожиданно взбунтовался один из пехотных полков: солдаты, приколов к шляпам листки с текстом программы агитаторов, без приказа вышли из ! строя и промаршировали перед командованием, скандируя: “Справедливость! Права солдат! Свобода!” Усмирять ослушников пришлось самому Кромвелю, поскакавшему к ним с обнаженным мечом. 14 зачинщиков были преданы скорому военно-полевому суду, один из них, некий Ричард ] Арнольд, был расстрелян на месте. Агитаторы и вся армия молча взирали на расправу, понимая, что без единства им просто не выжить.
Создавшуюся кризисную ситуацию еще больше усугубила двурушническая политика короля: с попустительства парламента он принимал представителей высшего командования армии, пресвитериан, индепендентов, кавалеров, по очереди ублажая их всех заманчивыми обещаниями, которые вовсе не собирался выполнять. Карл прежде всего надеялся на шотландцев, сумев уговорить их вторгнуться в Англию и восстановить его на троне. В обмен на это король согласился на установление единой кальвинистской церкви.
Верные данному слову, шотландцы в мае 1648 г . перешли государственную границу и двинулись на юг Англии, что в свою очередь спровоцировало многочисленные и довольно успешные выступления роялистов в Уэльсе, графствах Эссекс, Кент и Суррей. Началась вторая гражданская война. Четыре долгих месяца потребовалось армии “новой модели”, чтобы ценой большой крови подавить роялистов во второй гражданской войне и вернуть все захваченные ими крепости и опорные пункты. Затем, искусно маневрируя, Кромвель сумел вклиниться между двумя шотландскими армиями и, несмотря на огромный численный перевес неприятельских сил, поочередно разгромил их под Престоном и Уоррингтоном.
Изнурительная и кровопролитная гражданская война на юге страны окончательно развеяла остатки солдатских иллюзий относительно Карла I. И хотя парламент по-прежнему вел с ним бесконечные переговоры в Кэрисбруке, армия, говоря словами бывшего агитатора капитана Аллена, сочла “своим долгом… призвать Карла Стюарта Кровавого к ответу и за пролитую им кровь, и за вред, причиненный им Божьему делу и населению этой обездоленной страны”.
2 декабря 1648г. армия вернулась в Лондон. 5 декабря парламент большинством голосов одобрил условия короля о политическом устройстве Англии. Утром 6 декабря к дверям Вестминстерского дворца в сопровождении взвода мушкетеров подошел полковник Прайд и по списку арестовал всех, проголосовавших за это решение; остальные члены палаты, прозванные в народе “охвостьем”, образовали так называемый “индепендентский парламент”.
Во время одного из первых заседаний нового парламента группа депутатов выдвинула предложение предать короля суду по обвинению в измене национальным интересам. Поскольку же законных оснований для этого не было, палата лордов или, вернее, то, что от нее оставалось, категорически опротестовала такую постановку вопроса. Тогда группа депутатов палаты общин заявила, что ее решения фактически становятся законом страны и без утверждения их короной или пэрами. По настоянию Кромвеля была создана комиссия, хотя, помимо лордов, против этого возражали самые различные слои населения. Не были исключением и левеллеры, считавшие такой шаг политической ошибкой. На первом заседании суда в Вестминстер-Холле король заявил, что не считает его законным, не признает себя виновным или невиновным и категорически настаивает на своем историческом праве быть судимым только судом пэров. С точки зрения формальной законности он был, конечно, прав, но ведь его судьбу решал революционный трибунал, который сам творил законы своего времени. После нескольких дней бурных судебных прений (и многочисленных протестов со всех сторон) Карл I был признан виновным, приговорен к смертной казни и 30 января 1649 г . принародно обезглавлен в Уайтхолле. Армия ликовала, но в толпе присутствующих было немало и таких, кто искренне рыдал, бросая последний взгляд на своего короля. Церковь и государство приобрели бесценного великомученика, а известие о казни волной ужаса прокатилось по всем королевским дворам Европы.