Со времени возникновения Пантикапея его территория постоянно расширяется. Уже с начала IV в. до н. э. в городскую территорию входили все склоны «Первого кресла» Митридата, а в III в. до н. э. в границы города включено пространство между западным склоном «Первого кресла» и «Скалистым выступом». Со II в. до н. э. в черту города включаются склоны «Второго кресла» Митридата, а также пространство от берега залива до подошвы горы (табл. XXVII, I, 6
), террасная планировка сохраняется (Блаватский В.Д., 1957а, с. 47). Эллинистические жилые дома, особенно III–II вв. до н. э., сохранились плохо из-за больших перестроек в период I в. до н. э. — I в. н. э. Многокомнатный жилой дом открыт на Эспланадном раскопе. Его капитальные стены были сложены из тесаных блоков известняка, в сооружении перегородок широко использован бутовый камень (Блаватский В.Д., 1957а, с. 49–55, рис. 25). Общественные постройки эллинистической эпохи ярко характеризует богато отделанное здание II в. до н. э., частично открытое на Ново-Эспланадном раскопе (табл. XXIX) площадью 450 м2. В центральной части здания был большой прямоугольный двор (площадью 80 м2), окруженный колоннадами дорийского ордера. Сторона двора, обращенная к северу, не сохранилась. Сохранились частично колонны, детали фриза, карниза, антефикс и т. д. Двор был вымощен плитами известняка. В центре двора был алтарь, от которого сохранился фрагмент, украшенный рельефными изображениями букрания и гирлянды. По-видимому, во дворе стояли статуи, на что указывает плита-постамент, открытая на вымостке двора и обломки пяти статуй. За южным портиком была галерея, а за ней несколько помещений. В помещении А пол был выложен кусками белого и зеленого мрамора, в углу сохранился очаг и две мраморных опоры скамьи. Помещение Б с цементным полом и водостоком, служило для омовений. В двух западных помещениях Г и Д полы были выложены мозаикой из галек. К юго-востоку от центрального двора с колоннадами был еще один двор, вымощенный плитами. Существует мнение, что здание являлось пританеем. Оно погибло от пожара в конце II в. до н. э. (Марченко И.Д., 1967б; 1968б, с. 48).В первые десятилетия III в. до н. э. возможно было начато создание оборонительного комплекса, остатки которого были исследованы на вершине «Первого кресла» горы Митридат. Обнаружены остатки стен, снабженных бастионообразными выступами и вырубленные в скале обходные коридоры шириной 1,7–1,5 м. Все эти сооружения группировались вокруг прямоугольной центральной башни. Въезд на платформу цитадели осуществлялся по наклонному скалистому пандусу, фланкированному с востока полукруглой в плане башней диаметром 11 м (табл. XXVIII, III–V). Во время землетрясения 63 г. до н. э. эти укрепления, вероятно, сильно пострадали.
Изучена также система укреплений акрополя с севера, где выделено три периода существования этой системы. Наиболее существенные перестройки относятся к концу II — началу I в. до н. э. (Блаватский В.Д.
, 1957а, с. 24–28; Марченко И.Д., 1975а, с. 317 сл.; Толстиков В.П., 1977, с. 156 сл.) (табл. XXVIII, III–V). Ко II в. до н. э., видимо, относятся остатки городской оборонительной стены (толщиной 3 м) с круглыми башнями (Марти Ю.Ю., 1926, с. 47, рис. 23, 24). Направление этой оборонительной стены совпадает с линией городских укреплений, обозначенных на планах XVIII и начала XIX в. (Блаватский В.Д., 1951а, с. 35).
I в. до н. э. — IV в. н. э.
События конца II–I вв. до н. э. привели к сильным разрушениям Пантикапея. Пострадали не только укрепления цитадели и крупные общественные здания, но и террасы и целые кварталы жилых домов. В последующее время ведутся большие восстановительные работы. Часть старых террас на восточном и южном склонах горы Митридат была восстановлена на прежнем месте. Вместе с тем возводились новые подпорные стены, имевшие иную ориентацию. При восстановительных работах I в. до н. э. сооружаются мощные насыпи, куда попадает ранний материал. О монументах, стоящих на акрополе Пантикапея, свидетельствуют обломки посвятительных надписей, вырезанных на базах скульптур. Среди них — фрагмент с посвящением Артемиде, сделанном от имени Фарнака (Блаватский В.Д.
, 1957а, с. 67 сл., рис. 30, 1). Особый интерес представляет беломраморный блок архитрава с четырехстрочной посвятительной надписью царю Аспургу 23 г. н. э., принадлежавший зданию с пятиколонным портиком, по-видимому, небольшому храмику, посвященному обожествленному боспорскому царю Аспургу.Во второй половине I в. до н. э. — начале I в. н. э. произведены ремонтные работы и перестроены укрепления цитадели. В 1948 г. на участке к юго-западу от вершины «Второго кресла» были выявлены остатки оборонительной стены, относящейся, вероятно, уже к периоду правления Сарматской династии (Блаватский В.Д.
, 1951а, с. 35, № 151).