Добавило проблем Наполеону и сожжение русскими своей столицы. Именно русскими, потому что сейчас уже совершенно доказано, что пожар был хорошо спланированной акцией, разработанной и осуществленной по приказу военного губернатора Москвы Ф. В. Ростопчина. А вот Наполеону сожжение города было не выгодно ни с экономической, ни с политической, ни с военной точки зрения. Огненная стихия лишила захватчиков зимних квартир и провианта. В армии начались грабежи, которые морально разложили ее.
После занятия Москвы Наполеон ждал от Александра I предложений о мире, фактически прекратил активные боевые действия. Но русские использовали эту паузу для организации партизанской борьбы в тыл противника. Этот способ ведения боевых действий получил название «малая война».
Наполеон провел в Кремле 36 дней, но Александр I так и не вступил с ним в мирные переговоры.
Покидая сожженную Москву, Наполеон думал отойти к Смоленску, где были сосредоточены его базы и резервы, и весной начать новую кампанию. Но в реальности все у него пошло не так. Его направили на разоренную Старую Смоленскую дорогу, и он окончательно утратил стратегическую инициативу. Его победоносная армия стала превращаться в толпу грабителей и мародеров. Доведенные до отчаяния люди начали дезертировать. А в это время русская армия получала подкрепления. Плюс в тот год рано ударили морозы, и отступление по разоренным землям превратилось в настоящее бегство. Солдаты и офицеры Наполеона без зимней одежды страдали от холода и несли огромные потери.
При этом М. И. Кутузов вел преследование параллельными дорогами, южнее отступавших французов. Продвижение наполеоновской армии осуществлялось в тяжелых условиях острого недостатка продовольствия, пополнить которое было невозможно вплоть до Смоленска. Постоянные набеги казаков и партизан, огромный обоз с награбленным имуществом, большое количество иностранных гражданских лиц, вышедших из Москвы вместе с армией, замедляли движение воинских колонн.
28 октября (10 ноября) Наполеон с армией прибыл в Смоленск, в котором рассчитывал найти запасы продовольствия и дать отдых войскам. Однако этим надеждам не суждено было сбыться. Солдаты разграбили продовольственные склады, и пребывание в сожженном городе стало бессмысленным.
2 (14) ноября изрядно поредевшая Великая армия оставила Смоленск и двинулась дальше на запад. Шли к Борисову, где Наполеон предполагал переправиться через Березину. Боеспособность армии резко упала. Под Красным Наполеон потерял практически всю свою артиллерию и обозы. Морозы вдруг сменились оттепелью с дождем, но это не принесло заметного облегчения. Марш приходилось совершать по раскисшим дорогам, ночевать под открытым небом в промокшей одежде, питаться падалью. Количество больных и бросивших оружие солдат, тащившихся за теми, кто еще оставался в строю, постоянно возрастало.
При таком состоянии Великой армии, подошедшей к реке Березине, появилась возможность ее полного уничтожения. Дело в том, что 3-я Западная армия под командованием адмирала П. В. Чичагова заняла Борисов и правый берег Березины, и получилось так, что путь отступления наполеоновской армии на запад и юго-запад оказался закрыт. С севера в район Борисова подходил корпус П. Х. Витгенштейна, с востока — главные силы под командованием М. И. Кутузова. Наполеон оказался в стратегическом окружении. «Дело становится серьезным», — мрачно сказал тогда император, впервые ощутив приближение полного разгрома.
Но гений Наполеона нашел выход из, казалось бы, безвыходного положения. Обманув П. В. Чичагова ложными демонстрациями, Наполеон с 13 (25) по 17 (29) ноября с боями по трем наведенным мостам форсировал Березину южнее Борисова, в районе Студянки.
На спасительный правый берег реки перешли гвардия и некоторые другие боеспособные соединения и части. А потом Наполеон приказал сжечь мосты. В результате на левом берегу Березины были брошены тысячи людей — главным образом безоружные, деморализованные солдаты, а также примкнувшие к армии гражданские лица, среди которых было много женщин и детей.
После событий на Березине французы сложили легенду о том, что их якобы разгром ил и не столько русские, сколько «генерал Мороз». Но в конце ноября 1812 года сильных холодов еще не было. Ударь я ее дни сильные морозы — и остатки Великой армии просто перешли бы реку по льду. «К несчастью, — вспоминал позднее один из офицеров наполеоновской армии, — не было холодно даже настолько, чтобы река замерзла. по ней плавали только редкие льдины. <…> Второе неудобство происходило опять от недостатка холода и состояло в том, что болотистый луг. окаймлявший противоположный берег, был до того вязок, что верховые лошади с трудом шли по нему, а повозки погружались до половины колес».