В качестве членов Специальной комиссии были назначены: член ЧГК, академик, известный писатель А. Н. Толстой; член ЧГК, митрополит Киевский и Галицкий, экзарх Украины, высокопреосвященный Николай; председатель Всеславянского комитета генерал-лейтенант А. С. Гундоров; председатель Исполнительного Комитета Советских обществ Красного Креста и Красного Полумесяца (СОКК и КП) профессор С. А. Колесников; нарком просвещения академик В. П. Потёмкин; начальник Главного военно-санитарного управления Красной Армии генерал-полковник медицинской службы Е. И. Смирнов; председатель Смоленского облисполкома Р. Е. Мельников.
На первом заседаний Специальной комиссии, проходившем 13 января в здании Нейрохирургического института в Москве, были утверждены начальник отдела ЧГК В. Н. Макаров — в качестве секретаря, В. И. Прозоровский, В. М. Смольянинов, П. С. Семеновский, М. Д. Швайкова, Д. Н. Выропаев — в качестве судебно-медицинских экспертов.
В повестке первого заседания значились и два выступления — Н. Н. Бурденко и первого заместителя наркома внутренних дел С. Н. Круглова. Председатель Специальной комиссии рассказал, что, будучи в Орле, он узнал от свидетеля, как немцы клали на землю советских граждан, стреляли им из револьвера в затылок и те мгновенно умирали. Эксгумация могил подтвердила это свидетельство, а обнаруженная немецкая газета с протоколом вскрытия тел польских офицеров показала тождество методов расстрела в Орле и Катыни. О том, что создаётся Специальная комиссия под его председательством, Бурденко известили лишь 12 января. Предваряя выступление Круглова, нейрохирург добавил
Выступая перед членами Специальной комиссии, С. Н. Круглов охарактеризовал результаты предварительного следствия, сформулированные в его и Меркулова справке. Он подробно изложил и показания «свидетелей», в первую очередь тех, кого допрашивали ранее немцы и выслушивала международная комиссия экспертов — П. Г. Киселёва, бывшего сторожа на даче НКВД в Катынском лесу, начальника станции в Гнездове С. В. Иванова, дежурного по этой же станции И. В. Саввотеева и др. Было допрошено и много лиц, посетивших Козьи Горы с организованными немецкой администрацией экскурсиями. Они в один голос твердили, что тела прекрасно сохранились и, следовательно, офицеры не могли быть расстреляны весной 1940 г. Не ясно, правда, как несведущие в медицине люди типа уборщицы в какой-то конторе могли судить об этом. Практически каждый из экскурсантов повторял, что верёвки, которыми были связаны руки у польских военнопленных, немецкие. Естественно, с далёкого расстояния люди не могли рассмотреть эти верёвки, да ещё и определить их происхождение. Объяснение может быть одно: сами палачи знали, что они связывали руки пленных верёвками, закупленными в Германии, так же как и то, что расстреливали немецкими пулями калибра 7.65 из «вальтеров».
Круглов рассказал и о некоем обер-лейтенанте Арнесе, командире 537 сапёрного батальона, который якобы в сентябре 1941 г. руководил расстрелом польских офицеров. Однако на Нюрнбергском процессе было доказано, что Аренс (а не Арнес) прибыл в Козьи Горы лишь в ноябре 1941 г., 537-м батальоном он не командовал. Сама же 537-я часть была не сапёрным батальоном, а полком связи при командовании группы армий «Центр».
Митрополит Николай задал Круглову вопрос:
Отвечая на вопросы, заместитель наркома внутренних дел заявил, что Комиссии будет достаточно четырёх дней, чтобы