Бурденко же в заключение сказал:
Вечером 13-го января в Смоленск выехали В. И. Прозоровский, В. М. Смольянинов, П. С. Семеновский и М. Д. Швайкова, 17 января — члены Комиссии.
Второе заседание Специальной комиссии состоялось 18 января уже в Смоленске, на нём присутствовал не только С. Н. Круглов, но и нарком государственной безопасности В. Н. Меркулов. Круглов и председатель Смоленского облисполкома Р. Е. Мельников рассказали о проделанной подготовительной работе: раскопки могил начались 14 января, на них работало 200 бойцов, были установлены 3 палатки для вскрытия трупов, велись поиски других могил в Катынском лесу, в Смоленск доставили всех «свидетелей». Бурденко указал, что необходимо точно определить глубину могил, уточнить число военнопленных польских офицеров, работавших на дорожном строительстве, и установить, содержались ли польские офицеры и солдаты при немцах в тех же лагерях.
18 января в 11 часов 50 минут Специальная комиссия в полном составе выехала в Катынский лес, где ознакомилась с порядком работы по эксгумации. Оказалось, что тела от могилы до палаток экспертов доставляли волоком на брезентах. Всего к этому времени было вскрыто 225 трупов. Посещение членами Комиссии могил в Катынском лесу было заснято на плёнку кинооператором А. Ю. Левитаном.
Возвратившись в Смоленск, члены Комиссии решили увеличить число судебно-медицинских экспертов и санитаров, чтобы можно было производить 400 вскрытий в день. Переноску тел постановили производить либо на санях, либо на носилках, запретив волочить на брезенте. После этого члены Специальной комиссии ознакомились с материалами предварительного следствия: протоколами допросов «свидетелей», заявлениями и «документами», собранными работниками НКВД и НКГБ в связи с катынским делом.
В тот же день в помещении Горсовета члены Комиссии допросили свидетелей П. Г. Киселёва, Б. В. Базилевского, И. Е. Ефимова, С. В. Иванова, И. В. Саввотеева. В 23 часа 30 минут опрос был закончен и началось третье заседание, на котором происходили распределение обязанностей между членами Комиссии и отчёт о работе экспертов. В заключение Бурденко сказал:
В день прибытия Комиссии в Смоленск в центральной печати было опубликовано сообщение ТАСС, в котором говорилось о создании Специальной комиссии и указывалось, что она