Философ решил обратиться с апелляцией к самому папе римскому, но по дороге в Рим заболел и остановился в монастыре Клюни. Впрочем, поездка в Рим мало что исправила бы в судьбе Абеляра, ибо вскоре Иннокентий II утвердил решения Санского Собора и осудил Абеляра на "вечное молчание".
В 1142 г. здесь же, в Клюни, во время молитвы, Абеляр скончался. На его могиле, произнося эпитафию, друзья и единомышленники назвали Абеляра "французским Сократом", "величайшим Платоном Запада", "современным Аристотелем". А через двадцать лет в этой же могиле, согласно ее последней воли, были похоронена и Элоиза, соединившись навеки после смерти с тем, с кем разлучила ее жизнь земная.
Учение Пьера Абеляра было изложено им в многочисленных сочинениях: "Да и Нет", "Диалектика", "Христианская теология", "Введение в теологию", "Познай самого себя" и др. Бурную и резкую реакцию официальной церкви вызывали отнюдь не сами теологические взгляды Абеляра, представленные в этих сочинениях. Его собственные воззрения на проблему Бога не отличались какой-то особенной оригинальностью. Может быть, только в трактовке Святой Троицы в большей степени проявились неоплатонические мотивы, когда Абеляр признавал Бога-Сына и Духа Святого лишь атрибутами Бога-Отца, выражающими его всемогущество. Причем выразителем собственно могущества Бога-Отца выступает, в понимании Абеляра, Бог-Сын, а Дух Святой представляет собой некую мировую душу.
Эта неоплатоническая концепция и послужила поводом к осуждению взглядов Абеляра и обвинению его в арианстве. Но главное, что не принималось церковными авторитетами в учении французского мыслителя, заключалось в другом.
Дело втом, что Абеляр, будучи искренне верующим христианином, тем не менее сомневался в доказательности христианского вероучения. Он не сомневался в истинности самого христианства, однако видел, что существующая христианская догматика настолько противоречива, настолько недоказательна, что не выдерживает никакой критики и потому не дает возможности для полного познания Бога. Рассказывая об одном из своих учителей, с которым он постоянно спорил, Абеляр говорил: "Если кто-нибудь приходил к нему с целью разрешить какое-нибудь недоумение, то уходил от него с еще большим недоумением".
И сам Абеляр стремился увидеть и показать всем те многочисленные противоречия и неувязки, которые присутствуют в тексте Библии, в сочинениях отцов церкви и других христианских теологов.
Именно сомнение в доказательности догматов было главной причиной осуждения Абеляра. Один из его судей, Бернар Клервосский, писал по этому поводу: "Осмеивается вера простых... безрассудно обсуждаются вопросы, касающиеся высочайшего, подвергаются поношению отцы за то, что они сочли должным об этих вопросах скорее молчать, нежели делать попытки их разрешить". В другом месте Бернар Клервосский еще более конкретизирует претензии к Абеляру: "При помощи своих мудрствований он пытается исследовать то, что благочестивый ум воспринимает посредством живой веры. Веры благочестивых верит, а не рассуждает. Но человек этот, относясь с подозрением к Богу, согласен верить только тому, что он ранее исследовал с помощью разума".
И в этом смысле Пьер Абеляр может считаться родоначальником максимально рационализированной философии всего западноевропейского средневековья, ибо для него не было иной силы, способной создать истинное христианское учение, кроме науки, и, прежде всего, философии, основанной на логических способностях человека.
Абеляр утверждал самое высшее, Божественное происхождение логики. Опираясь на известное начало Евангелия от Иоанна ("В начале было Слово", которое по-гречески звучит так: "В начале был Логос"), а также на то, что Иисус Христос называет "Логосом" ("Словом" - в русском переводе) Бога-Отца, Абеляр писал: "И подобно тому как от Христа возникло название "христиане", так и логика получила название от "Логоса". Последователи ее тем истиннее называются философами, чем более истинными любителями этой высшей мудрости они являются". Более того, логику он называл "величайшей мудростью наивысшего Отца", данной людям для того, чтобы просветить их "светом истинной мудрости" и сделать людей "в равной степени христианами и истинными философами".
Высшей формой логического мышления Абеляр называет диалектику. По его мнению, с помощью диалектического мышления возможно, с одной стороны, обнаружить все противоречия христианского учения, а с другой стороны, устранить эти противоречия, выработать непротиворечивое и доказательное вероучение. Поэтому он доказывал необходимость критического прочтения и текстов Священного Писания, и произведений христианских философов. И сам показывал пример критического анализа христианской догматики, ярко выраженного, например, в его работе "Да и Нет".