Этот манускрипт и теперь хранится в библиотеке Ватикана. В течение двух лет (1266-1267) Бэкон написал для Климента IV еще два трактата: «Меньшее сочинение» (Opus Minus) и «Третье сочинение» (Opus Tertium). Первый из них являлся дополнением к Opus Maius, однако, похоже, не был завершен. Второй представляет собой своего рода краткое изложение идей, представленных в Opus Maius. Все эти три трактата содержат помимо собственно философских и теологических взглядов Бэкона его предложения касательно определенных реформ как в университетском обучении, так и в церковной жизни вообще; кроме того, философ искал финансовой поддержки для некоторых фантастических проектов (например, создание гигантских зажигательных стекол для уничтожения сарацинских армий). Смерть Климента IV в 1268 г. перечеркнула надежды Бэкона на претворение в жизнь его планов: ни один из грандиозных замыслов философа не был осуществлен. Бэкон тем не менее продолжал активную научную деятельность: в период с 1268 по 1277 г. им были написаны «Философский компендиум» (Compendium philosophiae), «Общая физика» (Communia naturalium), некоторые другие работы. В 1277 или 1278г. генерал ордена францисканцев Иероним из Асколи приговорил Бэкона к тюремному заключению за некие «подозрительные новшества». Что это были за «новшества», не совсем понятно, ясно, только, что благодаря своей страсти к опровержению тех, кого он называл «ложными авторитетами», Бэкон нажил немало врагов среди людей, обладавших большим влиянием
[74]. Сколько лет длилось его заключение доподлинно неизвестно, но, вероятно, он был освобожден около 1290 г.[75]Его последней работой стал «Теологический компендиум» (Compendium studii theologiae).