В 1254 г. после защиты диссертации «Спорные вопросы о Христовой науке» он получает титул доктора теологии и начинает преподавать во францисканской школе в Париже. Будучи членом ордена францисканцев, Бонавентура не мог получить официального зачисления на факультет теологии Парижского университета из-за оппозиции преподавательского состава этого университета, состоявшего из так называемого «белого» духовенства, к монашеским орденам, то есть «черному» духовенству. Только через четыре года Бонавентура был утвержден в качестве ординарного профессора на факультете теологии Парижского университета, где он преподавал вместе с Фомой Аквинским. Но вскоре Бонавентура оставляет преподавательскую деятельность, так как 2 февраля 1258 г. его избирают генералом ордена францисканцев, и с этого времени вся его жизнь посвящена и духовному служению францисканскому братству. К этому времени, существующий уже более полувека орден францисканцев, имел достаточно развитую монашескую структуру со своими монастырями, школами и храмами. Но с развитием ордена начали возникать и различные проблемы организации жизни братьев, обозначились два течения, по-разному понимавшие заветы Франциска, его отношение к бедности и строгости соблюдения Устава. Эти проблемы во многом были разрешены св. Бонавентурой. Будучи седьмым приемником Св. Франциска — Св. Бонавентура по праву стал вторым основателем Ордена
.