В октябре 1259 г. Бонавентура, находясь на горе Альверне, на склонах которой св. Франциску было видение шестикрылого серафима, пишет свой знаменитый «Путеводитель души к Богу» (Itinerarium mentis ad Deum), а в 1260 г. — житие св. Франциска, в связи с тем, что распространилось большое число различных, подчас противоречащих друг другу версий жизни основателя ордена. Биография (legenda) св. Франциска
[143], написанная Бонавентурой, была признана единственно точной, а все прежние запрещены. В 1260 г. в Нарбонне св. Бонавентура провел свой первый генеральский капитул, где были приняты важные для жизни ордена решения. Особое внимание Бонавентура уделял необходимости обучения монахов и организации школ и кафедр в университетах, одновременно осуждая чрезмерное увлечение бедностью как единственной формой добродетели. Будучи учеником первого знаменитого францисканского теолога и философа Александра из Гэльса, Бонавентура разделяя августианские взгляды своего учителя , превратил теологию и философию Бл. Августина в научную доктрину Ордена. Помимо этого Бонавентура по-прежнему не оставляет своей полемики с латинскими аверроистами и продолжает выступать с христианскими толкованиями Аристотеля против аверроистов в проповедях.3 июня 1273 г. папа Григорий X рукоположил Бонавентуру в епископа Альбанского и возвел в кардиналы. После чего его направили на Лионский собор, созванный папой Григорием X с целью восстановить общение с греческой церковью. Бонавентура принял активное участие в работе собора, поражая всех убежденностью и красотой своих речей в пользу воссоединения церквей
.Вскоре, между первой и второй сессиями собора св. Бонавентура заболел и 15 июля 1274 г. умер. Похоронен он был во францисканском монастыре в Лионе. Собратья по ордену почитали его святым, но только спустя двести лет, 14 апреля 1482 г., в соборе св. Петра состоялась канонизация св. Бонавентуры, а спустя еще одно столетие, в 1587 г., папа Сикст V буллой «Торжествующий Иерусалим» (Triumphantis Hienisalem) причислил его к Учителям Церкви. Последующими поколениями богословов св. Бонавентура именовался «серафическим доктором» (doctor seraphicus) наравне с Фомой Аквинатом (doctor angelicus)
.