Слава замечательного пастыря и проповедника росла. В 397 г., после кончины Константинопольского архиепископа Нектария, получившего кафедру после св. Григория Богослова, св. Иоанн Златоуст был вызван из Антиохии придворным евнухом Евтропием, знавшим его как выдающегося проповедника и подвижника, для поставления на Константинопольскую кафедру. Здесь Златоуст начал проводить самостоятельную церковную политику, стараясь оздоровить церковную жизнь, пришедшую в некоторое запустение при Нектарии, поставленном в архиепископы прямо из сенаторов. Златоуст начал с главного — с духовного усовершенствования священства. И здесь лучшим примером был он сам. Средства, которые предназначались для архиепископа, святой обратил на содержание нескольких больниц и двух гостиниц для паломников. Много трудов положил Златоуст на устроение благолепного богослужения. Проповедь аскетизма, обращение церковных средств на цели благотворительности, строгость в отношении клира и обличение распущенности столичных нравов, в том числе императорского двора, вскоре поставили Златоуста в сложное положение, хотя у своей паствы св. Иоанн завоевал огромную популярность.
Вскоре начались прямые столкновения Златоуста с двором. Далее, по одной версии, когда императрица Евдоксия, жена императора Аркадия (395—408 гг.), распорядилась о конфискации собственности у вдовы и детей опального вельможи, святой встал на их защиту, а гордая императрица не уступила и затаила гнев на архипастыря. По другой версии, знать и императрица ополчились на святителя за решение построить больницу для прокаженных. Точно известно, по крайней мере, что ненависть Евдоксии к святителю разгорелась с новой силой, когда недоброжелатели сказали ей, будто он в своем поучении о суетных женщинах имел в виду ее. В самом ли деле св. Иоанн публично назвал ее «Иезавелью» или нет, точно неизвестно (например, Палладий это отрицает), тем не менее в вину Златоуст}' это впоследствии вменили.
Не менее сложные, чем с двором, сложились отношения Златоуста и с епископатом. Ярым противником святителя выступил Александрийский папа Феофил, который, с одной стороны, питал ревность к растущему могуществу Константинопольской кафедры, а с другой — будучи предстоятелем кафедры Александрийской, всячески стремился избежать усиления влияния антиохийцев на Константинополь. Масло в огонь подлило и дело т. н. «оригенистов». Речь идет о египетских монахах, обвиненных (в их отсутствие, как замечает Палладий) на соборе 399–400 гг. в ереси оригенизма и вначале вынужденных бежать из Египта в Палестину, а затем прибывших в Константинополь и искавших заступничества у Златоуста. До столицы добралось около пятидесяти из них. Здесь они были приняты св. Иоанном, хотя из уважения к решениям собора 399—400 гг. Златоуст, как замечает Палладий, не вступил с ними в литургическое общение, но лишь дал им возможность проживать в столице и посещать богослужения. Вместе с тем св. Иоанн обратился к Александрийскому папе с просьбой пересмотреть их дело. Все это не могло не вызвать гнева св. Феофила, т. к. для него гонения на оригенистов были вопросом принципиальным и он не терпел хоть какого‑то вмешательства в дела своей кафедры.
Вопрос о том, были ли монахи, изгнанные из Египта, действительно ерегиками–оригенистами — сложный. Возможно, часть из них в той или иной степени были заражены этой ересью. В любом случае, мы можем утверждать с абсолютной уверенностью, что сам св. Иоанн Златоуст был совершенно свободен от какого‑либо налета оригенизма. Достаточно сказать, что в оригенизме евагрианского толка (а именно таким он мог быть в Египте) в конце концов достигается то, что Евагрий называл «сущностным ведением» т. е. такое познание, при котором ум сливается с сущностью Божией. Всякому, кто прочтет трактат Златоуста «Против аномеев», будет ясно, что для Златоуста не может быть и речи о стирании различия между Богом п тварью, что было характерно для оригенистов. Св. Иоанн подчеркивает это различие даже более настоятельно, чем, например, Каппадокийцы, да и Александрийцы. Поэтому заподозрить его в сочувствии к оригенизму мы никак не можем.