В годы войны Игнатий учился в Карлово и Стара-Загоре. Вести о ходе сражений были отрывочны и ненадежны, но уже самый факт очередного конфликта между Россией и Турцией будил надежды на освобождение в сердцах людей, видевших, что в результате предыдущих русско-турецких войн их братья-христиане в Румынии, Сербии и Греции получили известную независимость. Русские войска уже дважды — в 1811 и в 1829 году — вступали в Болгарию, народ встречал их с восторгом и оказывал всевозможную помощь тем, от кого ждал спасения. Однако каждый раз России не хватало политической и военной мощи, чтобы закрепить свою победу. Каждый раз дело кончалось подписанием временного перемирия, и русские войска уходили, оставляя болгар на милость разъяренных турок.
На этот раз война гремела далеко, и ее последствия отражались на болгарах по-разному и неодинаково. Одни покидали родные дома, чтобы присоединиться к русской армии в качестве добровольцев. Другие оставались дома и старались как могли воспользоваться подобием бума, возникшим в ремесленных городках благодаря возросшим нуждам турецкой армии. В Карлово, например, чуть ли не каждая семья ткала сукно для солдатских мундиров. Предприимчивые торговцы наживали состояния на поставках турецкой армии и экспедиционным частям англичан и французов, базы которых находились в Варне. Однако материальное процветание шло рука об руку с террором: война разожгла религиозный фанатизм турок, целые банды бродили по стране, грабя, насилуя и убивая, и даже союзники империи были потрясены и возмущены.
Благодаря вмешательству Запада война окончилась поражением России. На неопределенный срок болгарам пришлось отказаться от надежды на освобождение; правда, султан, выполняя совет англичан, обещал им реформы, но это не могло разогнать воцарившееся в стране уныние. Обещания были даны в манифесте, известном как Хатт-и хумаюн, который гарантировал защиту жизни, собственности и чести каждого подданного султана, признавал равноправие всех религий на территории империи и давал заверения в том, что судебная и административная система будет пересмотрена, а взяточничеству и коррупции положен конец. Само собой разумеется, новый манифест постигла та же судьба, что и предшествовавший ему Гюлхан Хатт-и шериф, и никаких улучшений для болгар не последовало.
Однако при всем том статьи манифеста о свободе вероисповедания и равенстве религии перед законом дали болгарам сильный аргумент юридического порядка в борьбе с греческой патриархией. Именно после Крымской войны они уже не просят об уступках национального характера в рамках греческой церкви, а требуют полной независимости болгарской церкви. По инициативе болгарской церковной общины в Константинополе, в 1858 году 11-ое мая (24 мая по новому стилю) — день святых Кирилла и Мефодия, которых по традиции считают создателями славянского алфавита, — был впервые отмечен как национальный праздник. (Самое первое празднование этого дня состоялось в 1851 году, в Болгарской школе Найдена Герова в Пловдиве, и ее примеру последовали другие школы). В следующем, 1859, году все болгарское население Карлово и окрестных сел также вышло чествовать этот день. Мужчины, женщины и дети радостной процессией шли к школе, которая не могла вместить всех собравшихся; толпа заполнила двор церкви св. Николы. После торжественной службы и проповеди всех охватил душевный подъем, как на пасху — праздник воскресения из мертвых, ибо этот день стал праздником воскрешения болгарского национального духа.
Еще один большой шаг к независимости церкви был сделан в 1860 году на пасху, самый большой праздник восточно-православной церкви. В болгарской церкви св. Стефана в Константинополе, переполненной до отказа верующими, епископ Илларион Макариопольский публично отказался признать греческого патриарха, «пропустив» его имя в литургии. Поступок пастыря вызвал брожение во всей Болгарии; настоятели тридцати городов, в том числе Карлово, последовали его примеру. В марте 1861 года столь же яркая демонстрация состоялась в карловской церкви св. Николы; в присутствии пятнадцати священников окрестных сел письмо греческого патриарха, предавшего сторонников Иллариона анафеме, было испачкано дегтем и публично сожжено.
К 1861 году кампания против греческой патриархии приобрела национальный размах и продемонстрировала такое единодушие, подъем и решимость, что победа явно была лишь вопросом времени. Но именно в этот период интерес Васила к церковным делам достиг низшей точки. Борьба за независимость церкви уже не действовала на его воображение, и ум его занимали проблемы совсем иного рода.