В те смутные времена в Российской Империи многое решалось вопреки здравому смыслу. Правили временщики, которые старались везде насадить «своих немцев».
Сигезбек уже через несколько месяцев после возвращения Гмелина подал на него жалобу. Может быть, через двести пятьдесят лет и не стоит вдаваться в детали тех дрязг, но человеческих отношениях ничего не меняется. Низость и подлость, подкреплённая «мохнатой лапой», к сожалению, всегда имеет преимущества. Сигезбек писал:
Однако мерилом и судьёй человеческих отношений может быть только время. Именем Гмелина названы десятки видов растений. А именем
И вот у такого академика заканчивал своё студенчество Крашенинников. Степан Петрович всегда был крайне беден. Жить на сто рублей с женой и шестью детьми было невозможно и в то далёкое время, поэтому он часто хлопотал перед Академией о материальной помощи. Известно, что в 1745 году на академическом заседании, незадолго до того, как Крашенинникову дали звание адъюнкта, Сигезбек сделал выговор ему за то, что тот без его ведома принял дрова и деньги от Академии. Много крови выпил Сигезбек из Крашенинникова, пока новый президент Академии К.Г. Разумовский не уволил сварливого академика в 1747 году. Резолюция графа была категорична:
На место Сигезбека был формально назначен Гмелин, получивший отпуск на родину, откуда он в Россию уже не вернулся.
Только с уходом Сигезбека Крашенинников смог самостоятельно и в полном объёме заниматься ботаникой. Более всего он, по-видимому, был занят описанием и выращиванием сибирских растений из семян, доставленных из путешествия. Растения выращивались и в Академическом саду на Васильевском острове, и в Аптекарском огороде на Аптекарском острове, и в собственном саду Гмелина.
Академический сад в этот период фактически возглавлял Крашенинников. Ему более всего досаждали хозяйственные заботы, с которыми не могли справиться предшественники. Отсутствие настоящих теплиц, протекающие крыши «ботанического дома» и валившийся забор — всё это было хроническим при крайней ограниченности средств, отпускаемых академической Канцелярией. Так и не добившись постройки сносной оранжереи, Крашенинников испросил у Академии разрешения снять оранжерею расположенного поблизости Шляхетского корпуса в саду Меньшикова дворца.
Здесь Крашенинников вёл обычную в те времена работу, расширяя коллекцию выращиваемых растений и составляя разного рода каталоги: «Генеральный индекс», «Каталог тепличных растений» и ежегодный «Перечень семян». Всё это делалось вполне на уровне европейских садов, хотя и в сравнительно более скромном масштабе.