Он не принимал участия в экспедициях, которые организовывала Академия наук, и путешествовал сам по себе, страдая от насмешек обывателей и притеснения чиновников. Как и многие исследователи–инородцы, он страдал от подозрительности русских чиновников, которые видели в Лаксмане шведского шпиона, поскольку не понимали научной значимости собираемых материалов. Свои посылки с научными коллекциями в Европу Лаксман отправлял без указания имени отправителя. Гаад писал в одном из писем: «
Лаксман, от природы наделённый большими способностями, имел огромную работоспособность, однако ему сильно не хватало академической грамотности, вот почему описания его страдали отсутствием научности и точности определений. Он не мог, как Паллас, сидя в экипаже, составлять списки растений, растущих вдоль обочин дорог. С другой стороны, он был ставленником самого Линнея, а это многого стоило.
Очевидно, Паллас и Лаксман не были знакомы к моменту прибытия в Россию. Паллас приехал в Петербург в 1767 году, в то время Лаксман уже жил в Сибири. А в 1769 году, когда Лаксман прибыл в Петербург, Паллас годом ранее отправился в многолетнее путешествие, и они опять не встретились.
В первый период работы в России их общение было заочным, через изучение работ друг друга. Вернее, Лаксман читал труды Палласа, а Паллас читал только те письма Лаксмана из Сибири, которые без ведома автора опубликовали в Гётеберге. Эти письма, по признанию самого Лаксмана, не предназначались для печати. «Сибирские письма» сильно подмочили научную репутацию Лаксмана. Как он сам писал П.И. Бергиусу, в одном из его писем приводится дурацкое описание мыши–землеройки. На самом деле его намерением было уведомить о существовании этого неописанного животного, которое он нашёл мертвым и вспухшим. Другой конфуз вышел с даурской ласточкой, заметка о ней послужила поводом для избрания Лаксмана в Стокгольмскую Академию наук. Вот как он сам пишет о своей промашке с этой ласточкой секретарю Академии Барейтину:
Такие казусы не могли украсить научную репутацию Лаксмана. Поэтому присвоение за эту краткую заметку академического звания можно поставить в заслугу не Лаксману, а Линнею, хлопотавшему за него. Лаксман стал стокгольмским академиком, но рассчитывать на уважение Палласа он уже не мог.
Спустя два года Паллас и Георги практически повторили маршрут Лаксмана на Алтае. Лагус, первый монограф Лаксмана, так пишет об этом периоде отношений двух натуралистов: