Новые ботанические находки окрыляли и звали в новые путешествия.
Неутомимый исследователь и смелый путешественник, В. В. Сапожников в 1895–1923 гг. совершил более 20 путешествий в труднодоступные, во многих случаях неизведанные прежде районы Алтая, в Саяны, Семиречье, Западную Монголию (Монгольский Алтай), в Зайсан, Турецкую Армению. В последние годы совместно с Н. В. Никитиной обследовал арктическую флору в низовьях Оби и на Обской губе, в районе Нарыма по Оби.
Исследования в Русском Алтае были начаты в 1895 г. и продолжались в 1897, 1898, 1899, 1911 гг. Маршрут 1895 г. составил 1000 верст вьючного пути и охватил большое число районов. Начав с Телецкого озера и долины Чулышмана, путешественник вышел в долины Чуи и Катуни, поднялся вверх по Катуни до Катанды, прошел через Онгудай в Чергу и дважды пересек Теректинский хребет. Важной частью маршрута был перевал из Н ижнего Кургана в Верхний Курган для посещения Катунского и Берельского ледников. Эти ледники были неизмеримо больше, чем полагал открывший их Геблер. Близ Катунского ледника В. В. Сапожниковым был открыт ледник Черный и несколько малых ледников в истоках Капчала. Затем он вышел к Рахмановским ключам и спустился в долину Бухтармы.
Путешествие 1897 г. было самым продолжительным и богатым открытиями. В. В. Сапожников работал в двух важнейших центрах оледенения — близ горы Иик-Ту, осуществил большую поездку по Укоку, где установил третий центр оледенения. В 1899 г. исследовал Черный Иртыш, прошел к истокам Кучерлы и крупным ледникам Белухи. В 1911 г. посетил Катунские и Чуйские белки, совершил большое путешествие по основным центрам оледенения Алтая.
Он не замыкался в своих исследованиях, и вскоре к нему стали обращаться за советом путешественники, поставившие целью покорить горные вершины Алтая. Самуэль Тернер в 1904 году в Лондоне опубликовал свои впечатления об Алтае в книге «Сибирь. Записки о путешествии, восхождении и исследовании».
Перед путешествием Тернер нанес визит профессору Сапожникову.
В приложении к своей книге Тернер приводит перечень 1200 видов растений, очевидно, любезно переданный В. В. Сапожниковым.
При флористических исследованиях большое внимание уделялось высокогорной растительности, высотному распределению древесных пород, биологическим особенностям альпийских растений и приспособлению их к экстремальным условиям существования.